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Screen:高速ヴァーチャルスクリーニングエンジン
ファーマコフォア解析とバーチャルスクリーニング
Screenはファーマコフォア解析とバーチャルスクリーニングのためのツール群です。 Screenではファーマコフォア認識、ケミカルフィンガープリントおよびファーマコフォアフィンガープリント生成、化合物ライブラリに対するバーチャルスクリーニングが可能です。詳細についてはScreen説明デモをご覧下さい。
マッピング
Screenはファーマコフォアタイプに関連した個々の原子のマッピングに基づき、ファーマコフォリックグループを認識します。 Screenは6種類のファーマコフォアタイプ（H-bond donor,H-bond acceptor,positively charged,negatively charged,aromatic,hydrophobic)をサポートしているほか、ユーザーが定義をすることもできます。
Marvinで表示した２Dのアスピリンのと and 3Dのメラトニンの構造式。ファーマコフォアタイプにより着色しています。Acceptor（茶色）,donor（灰色）,anionic acceptor（青色）,aromatic donor（赤色）, hydrophobic（黒色）, Aromatic（緑色）
ディスクリプター
Screenはトポロジー、物理/化学的プロパティーに基づきディスクリプターの計算が可能です。
- ファーマコフォァフィンガープリントのファジースムージング
- 様々な化学プロパティー(e.g. pKa,mass, partial charge distribution, etc)をscalarとBCUTディスクリプターに統合することが可能
- ユーザー自身で生成/定義したディスクリプターを用いることが可能
スクリーニング
スクリーニングプロセスでは、多次元空間における、ディスクリプターの距離を測定し、クエリーに類似した化合物を特定します。 Screenのユーザーは個々のディスクリプターのタイプのメトリックスだけでなく、全体のディスクリプターセットに対しても広範なスクリーニング最適化オプションを利用することが出来ます。
- 「仮説」スクリーニングプロセスを用いるとさらに高速でノイズの少ない結果が得られます
- 100,000ディスクリプターを超えるスクリーニングをデスクトップパソコンで1秒で行えます
最適化
既知の活性を有する分子をトレーニングセットとして用います。本ソフトウエァはインターラクティブにスクリーニングを実行し、スクリーニング条件を最適化する為に、自動的に結果を比較します。最適化ステップは与えられた化合物ファミリーに対して選択性を向上します。最適化プロセスはチューニングされたパラメータのバリデーション、スクリーニング効果の統計解析を含みます。
関連リンク（英語）
- Download
- History of Changes
- User Guide
- Developer Guide
- JChem technical introduction
- Brochure
- Technical presentation
- Articles and Presentations
更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL
