ChemAxon（ケムアクソン）日本語ホームページ http://www.chemaxon.jp/ ケモインフォマティックスの新世界標準ChemAxon ja Copyright 2011 Mon, 01 Aug 2011 10:11:38 +0900 http://www.sixapart.com/movabletype/ http://www.rssboard.org/rss-specification エーザイ株式会社のグローバル創薬インフラを受注 パトコア株式会社は、エーザイ株式会社（本社：東京・文京区）から、創薬研究の基幹情報を管理するためのソフトウェア「JChem Cartridge for ORACLE」のグローバルライセンスを受注致しました。

本システムはエーザイが世界に展開する研究開発拠点において、研究過程で創生された化学構造情報の管理に用いられます。

同時に以前より国内の研究拠点で利用されていた化学物質の法規制化合物チェックシステム「CRAIS Checker」をグローバルライセンスに移行し、ワールドワイドにコンプライアンス強化を推進します。

JChem Cartridge for ORACLE について

JChem Cartridge for ORACLE は、ハンガリーのケムアクソン社により開発された化学構造式や反応式を管理するためのソフトウエアです。従来の類似製品と比較して、高速かつ正確に化学構造を取り扱う事ができます。

CRAIS Checkerについて

CRAIS Checkerは化学構造式により様々な法規制に対する該当の有無を高精度で判定するシステムです。
膨大な種類の化学物質を扱う製薬企業などにおいては、常に最新の法規制に基づき、法規制物質の適正な取り扱いを行う必要がありますが、CRAIS Checkerを用いることで、より的確で効率的なコンプライアンス対応を実現します。
パトコアは国内ではじめて構造式に基づく法規制判定システムを商用化し、CRAIS Checkerは大手製薬企業のほとんどで採用されております。


関連リンク

JChem Cartridge for ORACLE

CRAIS Checker

]]> http://www.chemaxon.jp/news/post-2.html http://www.chemaxon.jp/news/post-2.html ニュース 化合物登録システム 化学・生物情報統合検索システム 構造検索 法規制対応 Mon, 01 Aug 2011 10:11:38 +0900 JChem 5.5 がリリースされました。 今回のリリースでは、フォーミュラ検索の実装や軸不斉などの立体化学の拡張が行われました。主な新機能・改良点は以下の通りです。

new_stereo.pngのサムネール画像
  • 立体化学の拡張（回転異性、軸不斉異性、シン-アンチ異性）のサポート
  • JChem Cartridgeにマーカッシュ機能を実装
  • Rグループ検索のパフォーマンスを改善
  • マーカッシュライブラリから基本的なRグループクエリーの生成が可能に
  • 洗練されたフォーミュラ検索を実装
formula.png

 

関連リンク

]]> http://www.chemaxon.jp/news/jchem-v55.html http://www.chemaxon.jp/news/jchem-v55.html ニュース JChem JChemBase Fri, 06 May 2011 17:51:01 +0900 Marvin 5.5 がリリースされました。 この度Marvin5.5がリリースされました。本バージョンで、より分子を美しく表示するなどの改善が行われました。主な新機能は下記の通りです。

marvin_enhance.png
  • 遠近法表示における分子のビジュアライゼーションの改善（Bold Tool)
  • 2Dおよび3Dにおけるアロマティックリング表示の改善
  • 矢印キーによるスケッチキャンバスのスクロール、Ctrl+マウスホイールを用いたズームイン・アウトをサポート
  • 反応式への特殊文字・シンボルの挿入
  • 別れたエレクトロンフローを１つまたは2つのエレクトロンフローとして表示可能に
  • Structure > Find Structure Onlineで直接MarvinからChemSpiderに加え、PubChemの構造検索が可能に。また、chemicalize.orgでプロパティー計算が可能に
  • CxSmiles、CxSmartsフォーマットでsyn-antiおよびendo-exo isomersのインポートとエクスポートをサポート
  • Java 1.6 のサポート

関連リンク

 

 

]]> http://www.chemaxon.jp/news/marvin-55.html http://www.chemaxon.jp/news/marvin-55.html ニュース Marvin Fri, 06 May 2011 12:40:35 +0900 JChem for SharePointの発売を開始 shre_point_logo.jpg

JChem for SharePoint はマイクロソフト社のSharePoint™（シェアポイント）で化学情報のハンドリングを実現します。本製品には構造の編集、構造検索およびプロパティー予測を行う為のWebパーツおよびカスタムリストが含まれています。本製品は製薬企業の研究開発パートナーと開発されました。

ChemAxonのJChemは業界をリードする化学情報基盤構築の為のツールキットで、化学構造式の保管、検索、キャラクタライズをサポートします。JChemChem for SharePoint Webパーツおよびカスタムリストの登場により、SharePointで構築されたイントラネットポータル、エクストラネット、ウェブサイト、ブログ、Wikiにエンタープライズケミストリー機能を容易に追加できるようになります。

詳細はJChem for SharePointの紹介ページをご覧ください。

]]> http://www.chemaxon.jp/news/news-jchem-for-sharepoint.html http://www.chemaxon.jp/news/news-jchem-for-sharepoint.html ニュース JChem for SharePoint Fri, 06 May 2011 01:12:43 +0900 chemicalize.org（ケミカライズ） に新機能を追加 ユーザーが指定したWebページから化学名を抽出し、化学構造式のアノテーションの付加及び物性計算を行うフリーのウェブサイトchemicalize.orgに新機能が搭載されました。主な新機能は下記の通りです。

  • Webサーチの追加 (化学名およびGoogleにおける非化学名のテキスト検索をサポート）
  •   chemicalize.pngWebページパーサーの再設計
  • "ケミカライズ"されたページのトップに構造の目次を追加
  • ページ内で見つかった構造をSDファイルにダウンロード可能に
  • データページの改良
    • 構造のダブルクリックで2D-3D ビユーワーをオープン
    • 新規のボックス「Similar Structures」の追加
    • 新規のボックス「Webpages」 の追加（構造が記載されたWebページのリスト）
    • SMILESおよびInChI名の表示
    • 計算結果をSDファイルにダウンロード可能に
  • 初期のクエリーでヒットが得られなかった際、自動的に他のサーチタイプを試行
  • 任意の構造をツールバーにドラッグ&ドロップ可能に
  • Firefox4およびInternet Explorer 9のサポート

詳細は変更履歴をご覧ください。

Introduction to chemicalize.org

 

]]> http://www.chemaxon.jp/news/chemicalizeorg.html http://www.chemaxon.jp/news/chemicalizeorg.html ニュース Chemicalize.org テキストマイニング Fri, 06 May 2011 00:56:30 +0900 Name to Structure：化学名・CAS番号等を構造式へ変換 pp_nametostructure.png

Name to StructureはIUPAC名、CAS番号、一般名などから化学構造式を生成します。 ChemAxonではより多くの一般名が認識できるよう、継続的に拡張を進めています。

名称→構造式の一括変換

本ツールは、名称から構造式に一括変換する方法を複数提供しています。
Instant JChemやJChem for Excel、MarvinViewにおいては、名称が記載されたテキストファイルをインポートすると自動的に構造が認識され、SDファイルからのインポートと同じように構造式として読み込むことができます。
Pipeline pilot や Knimeのようなワークフローツールについては、コンポーネントの一つとして変換ツールが実装されています。 Molcovertやcxcalcなどのコマンドラインツールからも名称⇔構造変換が可能です。
また、APIを用いてカスタムアプリケーションに変換機能を組み込むことが出来ます。

Document to Structure アドオン

html、テキスト、PDFファイル内の化学名を認識し、構造式に変換します。

Document to structureはAPI及びコマンドラインから利用できます。
本ツールは化学名を認識し、構造に変換するだけでなく、ファイル内の化学名の位置情報も取得することができます。 Document to structure APIはフリーのchemicalize.orgに実装されており、Webページ内で化学名を見つけ構造に変換するのに用いられています。 Knimeに統合されたDocument to Structureを用いるとテキストマイニングの自動化が可能です。

chemicalize.org（Free）

ChemAxonではName to structureを無償Webアプリケーションである、chemicalize.orgで既に実装されており、Webページ上でみつかった化学名を認識し、構造をポップアップ表示できるようにしました。
ユーザーは、webサイトのアドレス又は化学名、あるいはファイルの内容をタイプ又はペーストすると、それぞれ、解析され構造式のイメージ付のアノテーションが付加されたwebページ、単独の構造式のイメージ、変換された構造付のデータページを得ることができます。
Webパージをchemicalize.org からブラウジングする際は、リンク先のページもまた同様に"chemicalize"されます。是非http://www.chemicalize.orgを訪問してお試し下さい。

Naming and chemicalize.org

Applying ChemAxon name-structure to chemical patent data - Nicholas Goncharoff (SureChem)

関連リンク



]]> http://www.chemaxon.jp/nomenclature/name-to-structure/name-to-structurecas.html http://www.chemaxon.jp/nomenclature/name-to-structure/name-to-structurecas.html Name to Structure CAS RN IUPAC Name to Structure Sun, 01 May 2011 10:52:41 +0900 Structure Checker:分子構造のエラー検出と修復 placeholder.jpg

Structure Checker化学構造のバリデーションツールで、潜在的な問題の原因となり得る構造式のエラーを検出し、修復を行います。

Structure Checker ウィザードは構造式のエラー検出と修復を行う為のデスクトップアプリケーションです。SDファイルのような大きなファイルをスキャンし、構造式描画上のエラーをスキャンし、問題を修復します。本アプリケーションはマニュアルモードも備え、問題のある構造を表示し、ユーザーがマニュアルで修正することもできます。
自動的な修正は様々な問題に対応しており、バリデーションレポートの生成も可能です。シンプルなウィザードによるガイドにより、詳細な設定が容易に可能です。

また、Structure Checkerはコマンドラインでの利用やAPIの利用も可能です。合物登録システムなどの業務アプリケーションに組み込んで利用することができます。

エラーチェックの例

  • Aromaticity
  • Chiral flag
  • Coordination system
  • Ring strain
  • Reaction map
  • Valence
  • Wedge

その他の課題検出の例

  • Abbreviated group
  • Alias
  • Atom map
  • Atom value
  • Attached data
  • Bond angle
  • Bond length
  • Covalent counterion
  • Crossed double bond      
  • Explicit hydrogen
  • Isotope
  • Metallocene
  • Missing atom map
  • Multicenter
  • Multicomponent
  • Overlapping atoms
  • Overlapping bonds
  • Pseudo atom
  • Query atom
  • Query bond
  • Pseudo atom
  • Radical
  • Solvent
  • Three dimension
  • Wiggly double bond

Restoration of Molecular Artifacts

関連リンク



]]> http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/structure-checker/structure-checker.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/structure-checker/structure-checker.html Structure Checker Structure Checker Sun, 01 May 2011 16:55:58 +0900 Instant JChem Viz Add-On:ビジュアライザー機能を追加 Instant JChem Viz add-on はInstant JChemのアドオンモジュールで、データをグラフ化し、視覚的に参照する為のウイジェットを提供します。

本機能をフルに利用する為には、Viz add-onのライセンスが必要となります。詳細はinfo@patcore.comまでお問い合わせください。
Viz add-onのライセンスをお持ちでない場合には、ヴィジュアライゼーションウジェットはデモモードで動作し、350迄のデータポイントを表示できます。
また、本ライセンスはコンディショナルフォーマッティング機能を利用する為にも必要となります。

ヒストグラムチャート

vizmodule.png

ヒストグラムチャートは値の部分布をヒストグラムとして表示します。たとえば、分子量やlogPの頻度分布などを表示することが出来ます。 チャート上で選択したビンは色が変わり、「バックグラウンドビジュアルレイヤー」と呼ぶ表示用のデータ領域のデータを選択することもできます。これを用いると、同一画面上の他の表や、チャートもダイナミックに選択したビンに対応するデータがハイライト表示されます。 一方、同一画面に表示されている表のデータを選択した際も、対応するビンをハイライト表示することができます。

スキャッタープロット

スキャッタープロットはたとえば、分子量とlogPといった２つの変数をもつデータをプロットすることができます。本チャートはトレンドや相関関係を示すのに有用です。 チャート上で選択したポイントは色が変わり、「バックグラウンドビジュアルレイヤー」と呼ぶ表示用のデータ領域のデータを選択することもできます。これを用いると、同一画面上の他の表や、チャートもダイナミックに選択したデータポイントに対応するデータがハイライト表示されます。 また、マウスのポインターをデータポイント上にかざすとと当該データの構造式をポップアップ表示することが出来ます。 一方、同一画面に表示されている表のデータを選択した際も、対応するデータポイントをハイライト表示することができます。

コンディショナルフォーマット

IJC Conditional.png

コンディショナルフォーマッティングは条件に基づきフィールやセルに着色をし、値の違いを簡単に把握できるようにするものです。

Viz Add-Onの利用例




]]> http://www.chemaxon.jp/desktop/instantjchem/instant-jchem-viz-addon.html http://www.chemaxon.jp/desktop/instantjchem/instant-jchem-viz-addon.html InstantJChem Instant JChem Sun, 01 May 2011 15:10:10 +0900 Markush Search：マーカッシュDBを実現するアドオン

markushsearch.pngMarkush Searchは、特許出願などに用いられるマーカッシュ構造をデータベースに登録し、エニュメレーションすることなく、部分構造検索や完全一致検索を実現するJChem BaseおよびInstant JChem用のアドオンです。
Markush Searchは現在下記のような一般化表現をサポートしています。

  • R-group (無限のネスティングをサポート）
  • アトムボンドリスト
  • リンクノード及びリピーティングユニット
  • ポジションバリエーションボンド
  • ホモロジーバリエーション（alkyl, arylなどのジェネリックアトム。ユーザーによる定義も可能）

Markush SearchはMarkush Enumeration pluginを包含しています。これらの2つのツールを用いることにより、複雑なマーカッシュ構造の解析やマーカッシュ構造によって記述されたケミストリースペースのブラウジングを格段に容易にします。
また、DARC formatのインポート機能を実装しており、Tomson Reuters社の提供する特許のデータベースMMS (Merged Markush Service)
を利用することができます。

Markush structures at ChemAxon

Structure-based approaches to patent chemistry - Don Walter (Thomson Reuters)

Introducing Markush DARC support

関連リンク

]]> http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/markush-search/markush-searchdb.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/markush-search/markush-searchdb.html Markush Search Markush Sun, 01 May 2011 23:59:54 +0900 JChem Wev Services:ChemAxon製品のWebサービスアドオン

webservices.pngJChem Web ServicesはWebサービスを介して社内ネットワークおよびインターネット越しにChemAxon製品にアクセスできるよう拡張を行い、アプリケーション構築を容易にします。 これを用いると、Javascript、Perl、Pythonなどのスクリプト言語を用いた開発も行えます。

関連リンク

Implementation of ChemAxon in a SOA environment - Brett Hiemenz (GlaxoSmithKline)

 

 

]]> http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchem-webservices/jchem-wev-serviceschemaxonweb.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchem-webservices/jchem-wev-serviceschemaxonweb.html JChem Webservices SOA SOAP Web Services Sat, 30 Apr 2011 22:47:48 +0900 JChem for SharePoint SharePointで化学構造式や構造から計算したプロパティーに基づく検索が可能になります。 sharepoint-top-bg.jpg

SharePointとChemAxon

今日の近代的な創薬組織において、Microsoft SharePoint は情報共有のインフラとして広く普及しています。SharePointを用いると、ユーザーは他者と情報共有の為のウェブサイトを立ち上げ、文書の作成開始から完成までを管理し、全研究者が情報に基づくより良い意思決定を行う為にレポート等を公開することが出来ます。

Share Pointのサイトはページ、リストそして特定の目標達成の為のライブラリーにより構成されています。

サイトにはサブサイトを含めることができ、各サブサイトには更にサブサイトを含めることができます。
リストおよびライブラリーはシェアポイントのサイトに格納されます。また、リストは同じ種類の情報の集合体とらえることができます。
ライブラリーはSharePointに蓄積されたファイルを参照する個々のアイテムのリストです。
WebパーツはSharePointのページに挿入できる機能セクションです。Web パーツを使ってテキスト、カレンダー、イメージ、ドキュメントライブラリ、他のWeb サイトへのリンクなどを表示させることができます。

ChemAxonは構造式のハンドリング、物性計算、構造検索をSharePoint内で可能にする化学情報処理の為のカスタムリストおよびWebパーツを提供します。

SherePointにおける構造式の管理

構造式のSharePointへのインポートとエクスポート

ChemAxon Import/Export Webパーツは、MOLファイルやSMILESなどの化学ファイルからカスタムリストへのインポートやエクスポート機能を提供します。さらに、画像、生物学データ、テキストフィールド、化学名もまた、Webパーツを使ってインポート、エキスポートができます。
ユーザーは、レビューやほかのドキュメントと共に解析をおこなう為に即座に公開可能なカスタムリストに数千の化学構造をインポートすることができます。

Import and export chemicals

Marvinを用いたSharePoint内での構造式描画

MarvinアプレットおよびActiveX OLE バージョンのMarvinはSahrePointのレイアウトと統合されているので、ユーザーは直感的にカスタムリストや他のブログ、ディスカッションボード、Wikiなどに構造式を追加・編集したりコピー・ペーストしたりすることが可能です。

Sketch your chemical structures

SharePointカスタムリストにおける構造の保管と検索

Structure Filter Webパーツはカスタムリストに化学構造による絞り込み機能を提供します。たとえ、数千行に上るカスタムリストであっても、SharePointに組み込まれたChemAxonのエンタープライズJChemテクノロジーを用いて、ユーザーが定義した化学構造フィルターを適用することが出来ます。
クエリー構造はMarvinを用いて描画することができ、類似構造検索、部分構造検索、完全一致検索、スーパーストラクチャー検索などの複雑な構造検索であっても、StructureFilter Webパーツで実現できます。
また、構造検索の際は立体化学やTautomer（互変異性体）の考慮などを含む、ChemAxonの全ての先進的な構造検索オプションが利用可能です。

Store and search chemical structures

データの特徴づけと解析カスタムリスト内におけるプロパティー計算

ChemAxon Calculated Fieldは各種物理化学的パラメータや分子パラメータ、その他の関連プロパティーの計算や予測をカスタムリスト内で可能にします。
本機能は、構造ベースの計算と定義に基づき、アプリケーションに化学インテリジェンスを追加できる「ケミカルターム（Chemical Term）」と呼ばれるChemAxonの提唱する言語を用いて設定します。
ケミカルタームはバックグラウンドで実行されており、ユーザーがリスト内の構造式を編集すると、全ての関連する計算結果が自動的に更新され、常にデータは正しく表示されます。
単独あるいは複数の構造式が既存のリストに追加されると、計算されたプロパティーが自動的に生成され、豊富なデータが即座に入手可能になります。
ケミカルタームは、pKa、logP、logDなどのプロパティー予測の関数を含む化学・数学関数、官能基の認識、コンフォマーの選択、リングや距離に基づくトポロジカル関数、その他の構造関数を提供します。

Import and Export

 

SherePointにおける化学構造の命名

ChemAxonの命名エンジンが実装されており、IUPAC名やトラディショナルネームを生成することができます。逆にIUPAC名やトラディショナルネーム、CAS番号から構造式を生成することも可能です。

フィルタリングとソーティング

ChemAxonの計算フィールドによって生成されたテキストや数値は新しいカスタムビューあるいはShrePointのビルトイン機能でソートしたり、フィルタリングしたりできます。結果はレポート作成の為のビジュアライゼーションWebパーツに表示されます。 Filtering and Sorting

次バージョンのリリースに向けて、磨きをかけています。

化学名を含む文書のインデックスと検索

ChemAxonの「Document to Structure」モジュールはHTMLやテキスト、PDFファイルの解析を行い、IUPAC名やSMILES,InChI　keys等を認識し、化学構造に変換します。
「Document to Structure」は特定の構造の存在を認識するだけではなく、ドキュメント内での特定の化学構造の位置を入手し、直接ドキュメント内の適切な場所にリンクを提供することができます。この「Document to Structure」のAPIはChemAxonの無償Webアプリケーションである、chemicalize.orgで既に実装されており、Webページ上でみつかった化学名を認識し、構造をポップアップ表示できるようになっています。

文書に埋め込まれた構造式のインデックスと検索

SharePointはChemAxonのエンタープライズ検索技術を用いて、自動的に
ドキュメント内の構造式をインデックし、文書やプレゼンテーション、その他構造式を含むSherePoint内の文書の構造検索を可能にします。それゆえ、巨大な文書のライブラリーやファイルリポジトリであっても必要な文書を容易に探して利用することができます。

SharePointと社内データベースの連携

ChemAxonのテクノロジーを用いると、ユーザーは社内の化学情報データベースに接続し、直接検索して構造やデータをSharePointのカスタムリストにインポートすることができます。
強力なインデックスと化学データベース技術により、研究開発情報管理の為の、柔軟なプロジェクトマネジメントツールを提供します。

SharePoint 2007 と SharePoint 2010に対応

ChemAxonは現在SharePoint 2010 および 2007をサポートしています。
多くの組織が2007から2010への移行を進めていることから、今後は2010を主として開発が進められます。

関連リンク

Cheminformatics and SharePoint: A Big Pharma Perspective - Luke Bullard (Pfizer)

 

 

]]> http://www.chemaxon.jp/share-point/jchem-for-sharepoint/jchem-for-sharepoint.html http://www.chemaxon.jp/share-point/jchem-for-sharepoint/jchem-for-sharepoint.html JChem for SharePoint ShrePoint Mon, 02 May 2011 09:49:40 +0900 日本糖鎖科学統合データベースにJChemBaseが採用 文部科学省のライフサイエンス統合データベースプロジェクト（LSDB）の一環として産業技術総合研究所が推進する、日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB：http://jcggdb.jp)の化学構造検索エンジンにChemAxon社のJChem Baseが採用されました。
JChemBaseは化学構造の蓄積と検索を実現するケムインフォマティックスアプリケーションの開発ツールです。
JChem Baseは様々なリレーショナルデータベース管理システムと組み合わせることにより、高速な構造検索を実現します。
JChemBaseに関する情報は以下のリンクをご覧下さい。

http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchembase/

 

プレスリリース原文

]]> http://www.chemaxon.jp/news/jchembase-1.html http://www.chemaxon.jp/news/jchembase-1.html ニュース JCGGDB JChem Base 構造検索 糖鎖 Thu, 04 Nov 2010 01:05:44 +0900 無料の法規制物質チェックシステムを公開 弊社では2004年に国内で初めて法規制物質チェックシステムの開発を行いました。
以来大手製薬企業を中心に多数のお客様で採用頂き、多くの方に日々ご利用頂いております。

この度、CRAIS Checkerをまだご利用頂いていないお客様にもコンプライアンスレベルの向上に
お役に立てて頂ければと考え、製品の一部機能をCRAIS Checker Lightとして無償公開致しましたのでお知らせ致します。

ご利用方法：
1)弊社ウェブサイトから「CRAIS Checker Light」のバナーをクリック
2)利用規約をお読み頂き、同意頂ける場合は「同意する」ボタンをクリック
3)構造描画エリアをダブルクリックすると構造エディタが起動しますので、構造を描画または、他の構造描画ソフトからペーストします。
4)OK」ボタンをクリックして構造エディタを閉じます。
5)Check」ボタンをクリックすると、判定結果が表示されます。

※回線状況によっては、構造エディタを起動する際、表示までに時間がかかる場合があります。
※SDファイルやsmilesファイルの一括チェックにはログインIDが必要です。ご希望の方はsupport@patcore.comまでご連絡下さい。


対象法規制：
CRAIS Checker Lightでは麻薬四法と薬事法指定薬物をチェックの対象としています。

なお、製品版では上記に加え以下の法規制もサポートしています。

*輸出貿易管理令
*毒物劇物取締法
（特定毒物、毒物、劇物）
*化審法
（第1種特定化学物質、第2種特定化学物質、第1種監視化学物質）
*労働安全衛生法
（製造禁止物質、製造の許可を受けるべき有害物、がん原性物質、変異原性物質、特別管理物質）
*薬事法
（毒薬、放射性医薬品）
・消防法
（危険物第1類、危険物第5類）
*化学兵器禁止法
（特定物質、第一種指定物質、第二種指定物質）


参考リンク：
◎CRAIS Checker Light　FAQ
http://crais.jp/faq.html

◎CRAIS Checker製品版情報
http://www.patcore.com/compliance/crais-checker.html

◎姉妹製品の試薬管理システム「CRAIS Reagent」製品情報
http://www.patcore.com/compliance/crais-checker.html

]]> http://www.chemaxon.jp/news/post-1.html http://www.chemaxon.jp/news/post-1.html ニュース Mon, 11 Oct 2010 12:53:29 +0900 独立行政法人理化学研究所がInstantJChemを採用 創薬・医療技術基盤プログラムの化学データ管理にInstantJChemを採用

ライフサイエンス業界におけるケムインフォマティックスソフトウエアのリーディングプロバイダーChemAxon社は2010年9月1日、独立行政法人理化学研究所　創薬・医療技術基盤プログラムに、同社のInstant JChemをライセンスしたことを発表しました。
Instant JChemは、理研の創薬・医療技術基盤プログラムにおいて、化合物情報の登録およびその共有・解析の支援に利用されます。
Instan Jhemはローカルマシンやサーバーにある化学構造式およびその関連データの管理・活用を行うためのデスクトップアプリケーションです。同製品は、ChemAxonのJChemエンタープライズケモインフォマティックス技術を包含し、他の技術やデータソースとのインテグレーションが可能です。

プレスリリース原文リンク

 

]]> http://www.chemaxon.jp/news/riken-ijc.html http://www.chemaxon.jp/news/riken-ijc.html ニュース Instant JChem 理研 Thu, 02 Sep 2010 23:15:35 +0900 PfizerがChemAxonのマーカッシュプラットフォームを採用。 2010年1月21日、ChemAxon（本社：ハンガリー・ブダペスト）はPfizerがマーカッシュ構造の検索とエニュメレーションのための同社のマーカッシュプラットフォームをグローバルで採用したと発表しました。
「ChemAxonのマーカッシュ構造の検索とエニュメーションは知的財産およびパテントの開発において決定的に重要になりつつある」とChemAxonのCEO Alex Drijver氏

関連リンク（英文）

]]> http://www.chemaxon.jp/news/pfizerchemaxon.html http://www.chemaxon.jp/news/pfizerchemaxon.html ニュース Markush Pfizer Thu, 21 Jan 2010 00:13:27 +0900 Marvin 5.3がリリースされました。 このほどMarvin 5.3がリリースされました。主な新機能は下記の通りです。

主な新機能

  • 分子の描画エラーを検出する"Structure Checker"アドオン
  • template_library.pngのサムネール画像テンプレートライブラリの改善（カスタムディレクトリー、階層型管理）
  • MS Officeに埋め込まれるMarvinオブジェクトの描画品質の改善
  • Sprout drawingのサポート
  • ブラケットドローイングツールおよびブラケットの編集
  • MarvinSketchのキャンバスに一度に100個までの分子をインポート可能に
  • VMNファイル（Markush DARC format）のインポートおよびOSRA(Optical Structure Recognitionのフリーソフト)を用いて画像の構造式から構造式がインポート可能に（本機能の利用にあたってはOSRAのインストールと環境変数OSRAにインストール先パス名の設定が必要です。詳細はImage import in Marvinをご覧ください。）
  • CDXファイルエクスポート
  • メニューから直接ChemSpiderの検索が可能に

関連リンク（英語）

 

]]> http://www.chemaxon.jp/news/marvin-53.html http://www.chemaxon.jp/news/marvin-53.html ニュース Wed, 27 Jan 2010 23:26:10 +0900 JChem5.3がリリースされました。 このほどJChem5.3がリリースされました。
主な新機能は下記の通りです。

主な新機能：

  • 構造の描画エラーを検出する「Structure Checker」を実装
  • jchem53.pngJChemのバージョンアップをスムーズにするJChem Tableのプレジェネレーションをサポート
  • 検索クエリーとしてホモロジーグループ（Alkyl(chk)、Alkenyl(che)など）を指定可能に
  • Markush DARCのサポート（Thomson Reuters Merged Markush Serviceにて使用）
  • JChem CartridgeにMarkush機能を実装
  • JChem Web Services add-onにおいて、リレーショナルなデータハンドリングをサポート
  • Ajaxサンプルプログラムにおいて、スプレッドシートのソートを実装
  • Reactorにおいて、反応物のプレフィルタリング機能を実装し、エニュメレーションスピードを改善
  • JKlusterにおいて、Sphere ExclusionおよびK-Meansクラスタリング法をサポート

 

関連リンク（英語）

]]> http://www.chemaxon.jp/news/jchem53.html http://www.chemaxon.jp/news/jchem53.html ニュース JChem Thu, 28 Jan 2010 18:01:24 +0900 JChem for Excel 1.1.3がリリースされました。 パワフルなEXCEL化学アドイン「JChem for EXCEL」の新バージョンがリリースされました。本リリースでは以下の新機能をサポートします。

新機能

  • jcx.pngMarvin/JChem 5.2.6 に対応
  • 新しくなったインストーラーで、手動設定が不要に
  • 構造式⇔イメージ双方の変換機能を実装
  • APIガイド（C# and VBA）を公開
  • PowerPointなどへの構造のコピー＆ペーストが可能に
  • JChem for Excelで作成した構造式付きのシートがJChem for Excelフリー版で参照可能に
  • ヒット部分の着色とアライメントが可能に
  • JCStandardizeStructureでルールファイルの指定が可能に

JChem for EXCEL の詳細はこちらのリンク先をご覧ください。

]]> http://www.chemaxon.jp/news/jchem-for-excel-113.html http://www.chemaxon.jp/news/jchem-for-excel-113.html ニュース EXCEL 化学 構造式 Mon, 14 Dec 2009 17:26:24 +0900 JChem for Excel:ケミストリースプレッドシート もっともパワフルなケミストリースプレッドシート

JChem for ExcelはMicrosof EXCELに「化学」のハンドリング機能を付加するアドインソフトウエアで、EXCEL2007と2003の両方に対応しています。
これまでの、EXCELケミストリーアドオンは、重く、安定性も不十分でしたが、JChem for EXCELを用いると、より軽快に大容量の化学データを便利に扱えます。
JChem for EXCELをインストールすると、SDファイルやSMILESファイルなどの化学構造ファイル読み込みや書き出し、構造式のセルを参照したプロパティー計算、R-グループテーブルの作成などが行えます。

JChem for EXCEL入門

その１：SDFのインポート、構造式の描画、セル操作、エクスポート、構造式に基づく物性計算（JChem for EXCEL関数）

その２：社内DBへ接続して検索、構造フィルター（構造検索）、部分構造マッチング関数、Rグループ分解、構造の正規化

JChem for Excel プレゼンテーション（英語）

JChem for EXCELライセンス種別

◎JChem for Excel製品版

  • ファイルやJChemBase/Cartridgeから構造のインポートができます。
  • Name to Structureライセンスは付属しません。IUPAC名のリストをインポートする場合には別途購入が必要です。
  • 構造のフィルタリング、Rグループ分解、SMILESからの構造表示などが行えます。

◎JChem for Excelフリー版

  • プログラムは製品版と同一です。JChem for EXCELのライセンスファイルが無い場合にはフリー版として動作します。
  • 有償版のJChem for Excelで作成したEXCELファイルを読み込み、構造の表示や印刷、Rグループ分解が行えます。
  • 構造のインポート、構造の追加・編集、計算プラグインの実行は行えません。

◎JChem for Excel - Calc Pack

  • Name to structureを除く全てのcalculation PluginとStandardizerを含みます。

 

jc4xl.gif

document.gifJChem for EXCELカタログ





]]> http://www.chemaxon.jp/desktop/jchem-for-excel/jchem-for-excel.html http://www.chemaxon.jp/desktop/jchem-for-excel/jchem-for-excel.html JChem for EXCEL JChem for EXCEL Sun, 06 Dec 2009 22:40:42 +0900 Marvinユーザーガイドの日本語版を公開しました。 Marvinユーザーガイドの日本語版を公開しました。

以下よりアクセス可能です。

http://www.chemaxon.jp/jdoc/marvin_help/index.html

]]> http://www.chemaxon.jp/news/marvin.html http://www.chemaxon.jp/news/marvin.html ニュース Mon, 19 Oct 2009 22:30:51 +0900 デスクトップ化学データベースInstant JChem2.3がリリース。

リレーショナルモデルに対応したデスクトップ化学データベース管理システムijc.gifInstant JChem2.3がリリースされました。新バージョンはMavin/JChem5に対応し、より利用範囲が拡大されました。

主な新機能

  • Marvin/JChem 5 に対応
  • データベースにクエリー（検索構造式）とマーカッシュ形式のデータを格納可能に
  • フォーム作成機能の改善
  • プロジェクト共有機能（Enterprise版) 

 

Instant JChemの詳細はこちらをご覧下さい。

 

]]> http://www.chemaxon.jp/news/instant-jchem23.html http://www.chemaxon.jp/news/instant-jchem23.html ニュース 化学データベース 構造検索 Sat, 26 Apr 2008 21:53:13 +0900 <![CDATA[Marvin&JChemバージョン5.0をリリース]]> 5.png

Marvin&JChemはアプリケーションプログラミングインターフェース（API）とグラフィックユーザインターフェースを備えたケモインフォマティクスソフトウェア群です。このほど様々な新機能や機能改善を含むメジャーバージョンアップが行われ、新バージョン5.0をリリース致しました。

Marvin 5.0の主な新機能

  • MarvinSketch: GUIのカスタマイズ機能(ISIS/Draw,ChemDrawライクな表示オプション等)、チェーン描画ツール、新規のグラフィックオブジェクト（角括弧、波括弧、山括弧), テキストボックスの配列機能と日本語入力対応
  • MarvinView: SDF、RDFのスプレッドシートライクな表示
  • Import/Export: IUPAC名の生成、Gaussianファイルの入出力
  • OLE対応 :ライブな構造オブジェクトをオフィス等に挿入可能に
  • Calculator Plugins: マーカッシュエニュメレーション

JChem 5.0の主な新機能

  • 新しいテーブルタイプ:（マーカッシュライブラリ・クエリー形式の構造を格納）
  • 新しい検索方法：マーカッシュ検索のサポート
  • OracleCartridge:より簡単なインストール、パフォーマンスの改善
]]> http://www.chemaxon.jp/news/marvinjchem50-1.html http://www.chemaxon.jp/news/marvinjchem50-1.html ニュース JChem Marvin Tue, 19 Feb 2008 13:24:23 +0900 マーカッシュによるライブラリ定義と展開をサポート Markush.png

マーカッシュ構造（Markush structures）はR-groupsと置換リストを用いて Marvinで描画することが可能です。アタッチメントポイントが定まっている場合は化合物ライブラリを表現することができ、それら個々の構造はMarkushEnumeration Plugin で生成することができます。.

関連リンク

]]> http://www.chemaxon.jp/news/post.html http://www.chemaxon.jp/news/post.html ニュース Markush マーカッシュ マークッシュ Mon, 25 Feb 2008 00:57:29 +0900 libMCS v0.7 がリリース。より速く大容量のMCSを実現！ libmcs.png

ChemAxonの MCS（Maximum Common Substructure、最大共通部分構造）クラスタリングツール(LibMCS) は自動的にもっとも大きくそしてもっとも高頻度に出現する骨格を任意の構造群から抽出します。構造は階層型にクラスター化されます。

バージョン0.7の主な改善:

  • APIが利用可能に (JChem 5.0.1~)
  • 10万件以上の大きなデータセットが取り扱い可能に
  • 処理がより高速に
  • クラスタリングの際、より多くの化学的特徴を考慮(リングを壊さずに保持、アトムおよびボンドタイプの一致、フォーマルチャージ等）
  • R-グループデコンポジション、R-テーブル表示の改善
  • 出力オプションの改善

関連リンク

]]> http://www.chemaxon.jp/news/libmcs-v07.html http://www.chemaxon.jp/news/libmcs-v07.html ニュース MCS Maximum Common Substructure クラスタリング 最大共通部分構造 Wed, 26 Mar 2008 00:21:42 +0900 Spotfireとのインテグレーション spotfire.pngTIBCO社のSpotfire DecisionSite for Lead Discovery でChemAxon製品とのインテグレーションモジュールがリリースされました。本モジュールにより、以下の機能を提供します。

  • StructureView,マーカーラベル、テーブルでのMarvinを使った構造表示
  • MarvinSketchによる構造のエディット
  • JChemBaseへの構造検索

御参考資料：Integration of ChemAxon with DecisionSite for Lead Discovery(1.52MB,PDF)

]]> http://www.chemaxon.jp/news/spotfire-integration.html http://www.chemaxon.jp/news/spotfire-integration.html ニュース DecisionSite for Lead Discovery JChem Marvin Spotfire Fri, 16 Nov 2007 05:33:00 +0900 Molecular Dynamics Plugin:分子動力学計算（MD)

moldyn.png分子動力学シミュレーションは分子構造を動的に変化する実態として説明することを目的としています。

柔軟な分子の構造はコンフォマーを用いるよりも、分子動力学シミュレーションによって求めた軌跡を用いる方がより正確に説明ができます。

Molecular Dynamics Pluginは分子力学の力場を用いて原子核の位置を計算します。計算結果の軌道は分子の羅列やアニメーションにより確認することができます。

機能一覧:

  • Display: 表示モード
    • Frames: 軌跡フレームの個別表示
    • Animation: アニメーションにより軌跡を表示
  • Forcefield: 計算に用いる力場
  • Integrator: ニュートン力学を解く為に用いる積分形式
  • Simulation steps: シミュレーションステップ数
  • Step time: シミュレーションステップ間の時間(fs)
  • Initial temperature:系の初期温度(K)
  • Start time of display: 表示される最初のシミュレーションフレームの時間(fs)
  • Frame interval: シミユレーションフレームの表示間隔(fs)

関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/conformation/md.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/conformation/md.html Conformation MD Molecular Dynamics エネルギー計算 分子動力学 配座解析 Tue, 01 Jan 2008 17:20:15 +0900     Calculator Plugins:物性計算ツール群

    plugins.pngCalculator PluginsはChemAxons社が提供する構造から物性を計算する為のツール群です。
    １つあるいは少数の構造の計算は、MarvinSketch およびMarvinViewのToolsメニューから呼び出し、インターラクティブにご利用頂けます。
    バッチ処理はコマンドラインからご利用頂けます。（cxcalc）

    さらに、Calculator PluginはChemAxonの化学言語体系である Chemical Terms や APIを通じてカスタムプログラムで利用できます。
    JChem Base、JChem Cartridge そしてInstant JChemにおいては、Chemical Termsの中からpluginを呼び出すことにより、構造データベース検索の際に計算した物性値をフィルタリング条件として利用することができます。

    さらに、フィールド値の計算方法をChemicalTermで定義しておくことにより、入力された構造式から物性値の自動計算を行いフィールドに格納できます。
    ヴァーチャル反応エンジンのReactorにおいては、ChemicalTermを用いて反応条件を定義しますが、この際もCalculator Pluginの計算値を利用できます。

    JChem Cartridgeでは、SQL文でChemical Termを利用でき、ここでもCalculator Pluginを利用できます。

    Calculator Pluginsはオープンなフォーマット（open plugin format）に基づいており、ユーザー独自の計算処理を組み込むことが可能になっています。

    Calculator Pluginsは以下のグループ毎にライセンスされます。ライセンスにはバッチ処理用のライセンスとインターラクティブに利用する為のライセンスの2種類があります。詳細はお問い合わせ下さい。

    無料オンライントライアルはこちらをクリックして下さい。 (Java動作環境が必要です。また、新しいウィンドウが開きます。回線状況に応じてアプレットのダウンロードに時間を要する場合があります。)

    Calculator Plugins一覧（詳細は各リンクをクリック)

    Elemental Analysis
    IUPAC Name Protonation Partitioning     		Charge Isomers Conformation Geometry Markush その他
    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/calculator-plugins.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/calculator-plugins.html 物性予測 Calculator Plugins ディスクリプター プロパティー計算 分子記述子 物性予測 Fri, 01 Feb 2008 15:51:12 +0900     Refractivity Plugin：モル屈折率の計算 モル屈折率は分子の体積および薬物受容体との相互作用に重要な影響を与えるロンドン分散力と強い関連性があります。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/refractivity/refractivity.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/refractivity/refractivity.html Refractivity モル屈折率 ロンドン分散力 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 13:50:38 +0900     Huckel Analysis Plugin:局在エネルギー等の計算 アロマティックセンターに対する電子吸引性および核吸引性の作用に関する局在エネルギーL(+)とL(-)はヒュッケルの方法によって計算されます。 小さな(+)とL(-)はアロマティックロケーションの反応性が高いことを示します。E(+) あるいはNu(-) における原子の順番はそれらの局在エネルギーに応じて調整されます。また、トータルΠエネルギー、Π電子密度、および総電子密度もヒュッケルの方法により計算されます。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/huckel-analysis/huckel-analysis.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/huckel-analysis/huckel-analysis.html Huckel Analysis Huckel Πエネルギー ヒュッケル測 反応性 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 13:28:47 +0900     Hydrogen Bond Donor-Acceptor Plugin Hydrogen Bond Donor-Acceptor (HBDA)はドラッグライクネスの評価に有用である、水素結合受容体数および水素結合供与体数を計算します。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/h-bond-donoracceptor/hbad.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/other/h-bond-donoracceptor/hbad.html H Bond D.A. 水素結合供与体 水素結合受容体 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 01:25:45 +0900     Markush Enumeration Plugin:マーカッシュの展開 markush_enumeration.pngマーカッシュ形式で記述された構造式は化合物クラスの一般的な表記方法で、特許請求の範囲の記述に主として使用されています。

    Markush Enumerationは、一般化されたマーカッシュ形式で表現される構造ライブラリの全体あるいは部分集合をの個別構造を列挙することができます。また、マーカッシュ形式で表現される化合物の総数をカウントすることができます。本ソフトウェアはマーカッシュ形式の表現としてR-グループ、原子、アトムリスト、ボンドリストおよびリンクノードを扱うことができます。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/markush-enumeration/markush-enumeration-plugin.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/markush-enumeration/markush-enumeration-plugin.html Markush Enumeration Markush マーカッシュ形式 構造式 特許 Tue, 01 Jan 2008 01:08:11 +0900     Molecular Surface Area Plugin:分子表面積の計算 Molecular Surface Area は Van der Waals と solvent accessibleの2タイプの分子表面積を計算します。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/molecular-surface-area-plugin.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/molecular-surface-area-plugin.html Geometry Molecular Surface Area PSA 3D 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 01:04:24 +0900     Polar Surface Area Plugin：極性表面積の計算（無料） 極性表面積(２D PSA)は分子の極性原子によって形成されます。 PSAは膜を介する分子の受動輸送と高い相関関係を示し、医薬分子の輸送量に関する予測に利用できるディスクリプターです。計算結果は実用上3D PSAとほぼ同じ結果を得られますが、３D PSAと較べて約100倍高速に計算できますので、大規模なバーチャルライブラリのバイオアベイラビリティースクリーニングに適しています。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/psa.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/psa.html Geometry PSA Polar Surface Area 極性表面積 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 00:44:26 +0900     Geometry Plugin：幾何学的指標の計算 Geometryは分子の幾何学的な指標を計算します。計算に供する入力分子はユーザーが入力した分子とするかエネルギーが最小のコンフォマーとするかをユーザーが選択できます。
    • Dreiding energy:3次元構造（コンフォメーション）の安定性に関連するエネルギー
    • Hindrance:電子対共有範囲と幾何学的距離より計算した原子の立体障害
    Related links ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/geometry.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/geometry.html Geometry geometry ジオメトリー，幾何学的 パラメータ 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 00:31:07 +0900     Topology Analysis Plugin:トポロジー分析 Topology Analysis は分子の位相幾何学的な指標を計算します。例えばリングに関しては、リング数、脂肪族・芳香族リングの数、縮合環の数、最小・最大のリングなどの値を算出します。その他ローテータブルボンド数、ステレオセンター数や各種インデックス（Wiener, Szeged, Platt, Randicなど）を算出します。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/topology-analysis.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/geometry/topology-analysis.html Geometry Topology インデックス トポロジー パラメーター リング数 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 00:18:37 +0900     ChemAxonアカデミックパッケージ 教育機関における教育および研究目的での利用は無料です。 academic_package.gif

    アカデミックパッケージの適用条件は以下を参照下さい。
    http://www.chemaxon.com/forum/ftopic193.html

    アカデミックパッケージのご利用はChemAxon社への申請が必要となります。

    アカデミックパッケージに関してのお問い合わせは弊社では対応致しかねます、 直接ChemAxon社にお問い合わせ下さい。

    アカデミックパッケージはChemAxonの都合により予告なく廃止されることがあります。

    アカデミックパッケージFAQ

    Q1: アカデミックパッケージの対象となるアカデミック機関とは？
    A1:学位を授与することができる機関を対象としています。
    Q2: 「パーソナルライセンス」とは？
    A2:特定の個人に与えられるライセンスのことです。教育目的の場合、アカデミックライセンスは申請者の生徒も含まれます。
    Q3:「アカデミックリサーチ」とは？
    A3:アカデミック機関において行われる研究のことを言います。民間企業との共同・委託研究はアカデミックリサーチとは見なされません。
    Q4:ChemAxonのソフトウェアを授業で使うことができますか？
    A4:はい。
    Q5:ChemAxonのソフトウェアを研究室のデータ管理に使うことができますか？
    A5: Academic Web programの対象となります。
    Q6: ChemAxonのソフトウェアをウェブサイトで研究データを公開することに使えますか？
    A6: はい、ただしウェブサイトが民間企業のものでなく、かつパスワードなどの制限がなく誰でも自由に閲覧できることが前提です。
    ]]>     http://www.chemaxon.jp/academic/academic-package.html http://www.chemaxon.jp/academic/academic-package.html アカデミックパッケージ アカデミックパッケージ フリー 化合物データベース，構造式 構造検索 無料 Tue, 01 Jan 2008 22:30:52 +0900     Conformer Plugin Conformer pluginは安定した3次元構造多数のコンフォマーを発生します。コンフォマーの安定性は分子動力学力場のフレームワークにおいて計算されたエネルギーの比較により評価されます。3次元構造は分子の物理化学的性質や反応に大きな影響を与えます。

    関連リンク（英語）

    conformer.png ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/conformation/conformer.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/conformation/conformer.html Conformation 3D 3次元化 コンフォマー コンフォメーション 物性予測 配座 Tue, 01 Jan 2008 15:38:31 +0900     Stereoisomer Plugin Stereoisomer Pluginは全ての立体異性体を計算します。本プログラムはテトラヘドラルと立体中心の2重結合の両方を取り扱います。

    関連リンク （英語）

    stereo.png ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/stereoisomer.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/stereoisomer.html Isomers Stereoisomer 物性予測 立体異性体 Tue, 01 Jan 2008 15:30:24 +0900     Resonance Plugin:共鳴構造の計算

    Resonance Pluginは全ての共鳴構造を発生します。

    関連リンク（英語）

    resonance.png ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/resonance.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/resonance.html Isomers Resonance 共鳴構造 Tue, 01 Jan 2008 15:24:39 +0900     Tautomers Plugin：互変異性体の計算 Tautomerization Pluginは互変異性体（Tautomer）を発生し、その後の処理に適した構造を選択できます。

    Methods for tautomer enumeration, -searching and -duplicate filtering

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/tautomers-plugin.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/isomers/tautomers-plugin.html Isomers Tautomer Tautomerization 互変異性体 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 21:11:04 +0900     Orbital electronegativity：電気陰性度の計算 Orbital Electronegativity Pluginは原子のパーシャルチャージディストリビューションから電気陰性度を計算します。

    Orbital Electronegativity Pluginの詳細（英語）

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/orbital-electronegativity.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/orbital-electronegativity.html Charge Orbital electronegativity 物性予測 電気陰性度 Tue, 01 Jan 2008 21:05:58 +0900     Polarizability：分極率の計算 Polarizability Pluginはパーシャルジャージの効果を考慮に入れて分極率を計算します。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/polarizability.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/polarizability.html Charge Polarizability 分極率 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 20:56:38 +0900     Partial charge distribution：パーシャルチャージの計算 par_charge.pngPartial charge distributionは各原子のパーシャルチャージの値を計算します。トータルチャージはシグマおよびパイチャージコンポーネントから計算されます。結果をMarvinSpace上にマッピングすることもできます。
    Partial charge distributionの詳細（英語）

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/charge.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/charge/charge.html Charge charge パーシャルチャージ 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 20:50:46 +0900     logD Plugin：分配係数（logD）の計算 logd.pngイオン化可能な官能基を持つ化合物は異なったイオン化フォームの混合物として溶解状態で存在します。 イオンのフォームの比率はpHに依存します。 logPが1つのイオン化フォームだけの疎水性を表すので、見かけのlogP値は異なっている場合があります。logDは任意のpHにおける オクタノール水分配係数を計算します。

    logD Pluginの詳細（英語）

    関連リンク

    Evaluation of Software for Property Predictions - Yvonne Martin (Abbott)

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/partitioning/logd.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/partitioning/logd.html Partitioning logD オクタノール水分配係数 分配係数 Tue, 01 Jan 2008 19:52:50 +0900     logP Plugin：分配係数（logP）の計算 logp.pnglogPプラグインは水/オクタノール分配係数を計算します。結果はlogPの数値以外に各原子のコントリビューションをMarvin Sapce（別売）で表示することもできます。Viswanadhanらのパブリケーションにもとづいた計算方法が採用されています。通常logPは中性化された状態で計算されますが、ChemAxonの改良されたアルゴリズムではイオン化された状態のまま計算が行えます。

    logP Pluginの詳細（英語） 

    関連リンク(英語)

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/partitioning/logp.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/partitioning/logp.html Partitioning logP 分配係数 物性予測 疎水性 Tue, 01 Jan 2008 19:27:21 +0900     Isoelectric Point Plugin：等電点(pl)の計算 isopoint.pngIsoelectric Point Plugin(pl)は電離後の化合物全体の電荷平均が0となるpH（等電点）を計算します。 等電点の計算は、pHのレンジに渡りイオン化可能な分子のすべてのマクロイオナイゼーションステートを考慮して行われます。 特定のpHにおける全体の電荷はマクロディストリビューションの加重合計によって計算されます。 蛋白質は等電点において溶解度が最小となります。また、電分子の移動性は等電点で最小となります。気的な分離方法において等電点は重要なパラメータです。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/isoelectric-point.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/isoelectric-point.html Protonation Isoelectric Point pl 物性予測 等電点 Tue, 01 Jan 2008 18:55:17 +0900     Major microspecies major_microspecies.png指定したpHにおけるメジャープロトネーションフォームを計算します。

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/major-microspecies.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/major-microspecies.html Protonation 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 18:29:46 +0900     Elemental Analysis plugin：元素分析ツール（無料） 分子の元素構成を計算（無料）

    elemental_analysis.pngElemental Analysis pluginは分子の元素構成に関する以下の値を計算・表示します。

    • Mass: molecular mass
    • Exact mass: molecular mass calculated from the most frequent natural isotopes of the elements
    • Formula: chemical formula of the molecule
    • Isotope formula: chemical formula of the molecule listing isotopes separately
    • Dot-disconnected formula: chemical formula of the molecule separating fragment formulas by dots.
    • Composition: elemental composition (w/w %)
    • Isotope composition: elemental composition listing isotopes separately (w/w %)
    • Atom count: number of atoms in the molecule.

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/elemental/elemental-analysis.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/elemental/elemental-analysis.html Elemental Analysis Elemental Analysis 組成分析 Tue, 01 Jan 2008 18:12:15 +0900     pKa Plugin：酸解離定数(pKa)計算 広範囲の分子に適用可能なpKa計算プログラム  

    pka.png多くの分子は環境により水素を得たり失ったりする特定の官能基を有します。それぞれのプロトンの取得あるいは喪失までの電離平衡はpka（酸解離定数）と呼ばれる定数によって表されます。pKaプラグインはパーシャルチャージディストリビューションに基づいてイオン化され得るグループのpKaを計算します。分子中のイオン化可能な原子数に上限はなく、蛋白などに対しても利用できます。

    pKa計算の詳細（英語）

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/pka.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/protonation/pka.html Protonation pKa 物性予測 酸解離定数計算 Tue, 01 Jan 2008 17:52:21 +0900     Structure to Name：構造式からIUPAC名を生成 Structure to name generation (IUPAC 2004)

    st2name.png構造式から慣用名または2004年のIUPAC nomenclature recommendations （International Union of Pure and Applied Chemistry 、国際純正・応用化学連合）に基づく化学名を生成します。

    本製品はMarvin Sketch、Marvin View、コマンドラインツール(cxcalc)によるバッチ計算、 ChemAxonケミカルターム（Chemical Terms）、Instant JChemからまたはAPIを通じてカスタムプログラムから利用することができます。

    Structure to name generationの詳細（英語）

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/property-prediction/iupac-naming/iupac-nomenclature.html http://www.chemaxon.jp/property-prediction/iupac-naming/iupac-nomenclature.html Structure to Name Structure to Name IUPAC命名法 物性予測 Tue, 01 Jan 2008 17:13:00 +0900     MarvinSpace イメージギャラリー 1AIDのバインディングポケット
    レジデューラベルを表示 リガンドポテンシャル表面 ポケットの2次構造

    2次構造

    レジデューとB-factorの着色 着色方法のカスタマイズ例 2次構造のラベリング

    分子表面

    CPK コノリー表面 溶媒接触表面
    ファンデルワールス 温度因子によるコノリー表面 レインボー表示

    ガウシャンキューブファイル

    同値面静電ポテンシャル 静電ポテンシャルのマップ 分子軌道
    ]]>     http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace-gallery.html http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace-gallery.html MarvinSpace MarvinSpace マクロ分子 分子モデリング 分子モデルビューワー Tue, 01 Jan 2008 16:29:16 +0900     MarvinSpaceオンライントライアル MarvinSpaceを実際に動かしてみましょう。

    以下の画像をクリックするとMarvinSpaceを起動し、3次元分子モデルをレンダリング・表示します。

    ご注意：

    • 予めブラウザのポップアップブロック機能を無効にしてからご利用下さい。
    • 初回の起動時にはアプレットダウンロードの為若干お時間を要します。
    • ご利用にはJava動作環境が必要です。JAVAをダウンロード
    Large Image Large Image Large Image
    Large Image Large Image Large Image
    ]]>     http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace-trial.html http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace-trial.html MarvinSpace 3D分子モデル表示 MarvinSpace Tue, 01 Jan 2008 01:01:00 +0900     MarvinSpace:高品質3次元分子モデル表示ツール JAVAによる高品質分子3次元分子モデル表示ソフト

    Marvin SpaceはJavaベースの高品質分子グラフィックス表示ツールです。
    低分子からタンパク質などの巨大分子のスムーズな３次元表示を行います。
    Marvin Spaceはスタンドアロンの構造ブラウジングツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んでご利用することもできます。また、JAVAベースのソフトであり、WindowsだけでなくMACやLINUXなど幅広い環境でご利用いただけます。

    表示機能

    Marvin Spaceでは様々は表示が行えます。ワイヤーフレーム。ボールアンドスティック、スペースフィル形式が選択でき、それらを組み合わせることもできます。
    また、それぞれドット表示、メッシュ表示、ソリッド表示、透過性表示が選択できます。

    MarvinSpace表示機能

    サーフェイス

    Marvin Spaceはスムーズでかつ正確なサーフェイスを表示します。ファンデルワールス、コノリー、ソルベントアクセシブル、ブロビーサーフェイスの表示ができます。
    より滑らかな表面の描画を実現するトライアングルリダクションや表面を透過性表示にすることもサポートされています。

    MarvinSpace分子表面描画

    プロパティーマッピング

    原子、アミノ酸残基、チェイン、２次構造、静電ポテンシャルにもとづいて表示モデルに色をつけることができます。
    またCalculator Pluginsなどで計算された物性値を分子上にマッピングすることも可能です。
    ガウシアンキューブファイルなどのボリュームデータの取り込みやイソサーフェイスの閾値の対話的変更もサポートされています。

    MarvinSpaceプロパティーマッピング

    巨大分子の表示

    蛋白分子の表示

    タンパク質などの巨大分子の表示が行えます。

    その他の機能

    その他の機能蛋白の２次構造表示、リガンドバインディングの表示、様々なラベルの表示と編集、距離・角度・二面角の表示、トーション角の操作、ファーマコファーモデルの表示などが行えます。

    MarvinSpaceの様々な描画機能

    MarvinSpaceイメージギャラリー

    以下のグラフィックスをクリックするとイメージギャラリーへ移動します。

    MarvinSpaceイメージギャラリー

    MarvinSpaceを実際に動かしてみましょう。

    MarvinSpaceオンライントライアルへ

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace.html http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinspace/marvinspace.html MarvinSpace 3D表示 3次元表示 マクロ分子 分子モデリング 分子モデルビューワー 蛋白モデル Tue, 01 Jan 2008 01:00:00 +0900     InstantJChem:デスクトップ化学データベース 高速かつ高度な構造/反応検索をサポート ijc.png

    InstantJChemは化学情報をローカルデータベースで管理する為のデスクトップアプリケーションです。また、サーバーのJChemBaseに対するフロントエンドの機能も提供します。

    ChemAxonのJChemとMarvinをベースに開発されたInstant JChemを使うと、ユーザは簡単に化学データベースを構築し、インポート、エクスポート、ブラウジング、構造/反応検索、編集が容易に出来ます。

    CalculatorPluginを用いると物性地などを計算し、新規のデータ項目として追加することが出来ます。

    また、Standardizerを一緒に使うと、構造式の標準化が行えます。

     

    動画によるInstantJChemのご紹介（英語音声解説付き）

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    クイックオーバービュー

    データの入出力

    構造検索ガイド

    その他の機能

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/desktop/instantjchem/instantjchem.html http://www.chemaxon.jp/desktop/instantjchem/instantjchem.html InstantJChem ローカルデータベース 化学データベース Tue, 01 Jan 2008 16:34:27 +0900     JKlustor:クラスタリングツール、MCS クラスタリングとダイバーシティ解析 jklustor.png

    JKlustorはクラスタリングとダイバーシティ解析のコンポーネントです。 JKlustorはクラスタリング、ダイバシティ計算、分子フィンガープリント、共通部分構造、ディスクリプター等に基づくライブラリの比較を行うことができます。 JKlustorは、コンビナトリアルケミストリ、ドラッグデザインその他化合物ライブラリの解析が必要な場面で利用できます。クラスタリングの手法や計算の最適化に関してオプションを選択できます。

    JKlustorは以下のコマンドラインツールを提供します

    • GenerateMD はダイバシティー解析やクラスタリングに用いる、ケミカルハッシュフィンガープリントおよび ファーマコフォアフィンガープリントを含む多様な分子ディスクリプターを生成します。
    • Compr はダイバシティ計算や非類似性計算に基づき、化合物ライブラリなど2つのオブジェクトの比較を行います。
      • ライブラリの全ての個々の化合物の比較
      • 2つのライブラリの比較
      • ライブラリの自己非類似性評価（Library self-dissimilarity test）:全ての個々の化合物と残りの化合物の比較を行います。
    • Jarp variable-length Jarvis-Patrick clusteringを行います。
    • Ward approach.RNNアプローチを適用し、Ward's hierarchic clustering method による分子のクラスタリングを行います。
    • LibMCS 階層的な最大共通部分構造（maximum common substructures）に基づきクラスタリングをおこないます。ダイバシティー解析や ocused set profilingに用いることができます。
    • CreateView 構造式と計算結果を含むSDファイルを生成します。

    アニメーションによる機能紹介（英語）

    The New JKlustor Suite

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/jklustor/jklustor.html http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/jklustor/jklustor.html JKlustor MCS クラスタリング ダイバシティー ディスクリプター 最大共通部分構造 Tue, 01 Jan 2008 16:26:50 +0900     Screen:高速ヴァーチャルスクリーニングエンジン 2Dおよび3Dバーチャルスクリーニングツール  

    screen-top.png医薬品探索研究の初期段階において、大規模な化合物データベースに対するリガンドベースのスクリーニングは必要不可欠になりつつあります。Screenはリガンドベースのハイスループットヴァーチャルスクリーニングパッケージで、巨大な化合物ライブラリーに対して化学構造(2D)及びシェープ(3D)の類似検索を行う強力なツール群を提供します。 Screenはお客様が最適な結果を得られるよう、数種類の異なるフィンガープリント（ChemAxon chemical fingerprint、pharmacophore fingerprint、ECFP/FCFP（オプション））と 複数の非類似度計測手法、そして計測方法の最適化ツール群を提供します。 Screenは2Dディスクリプターパッケージ（ChemAxon Chemical Fingerprintを含む）とScreen3Dの2種類があります。全てのコンポーネントコマンドラインからアクセスできます。また、Java及び.NETのAPIを利用して独自アプリケーションの開発が可能です。

    マッピング

    Screenはファーマコフォアタイプに関連した個々の原子のマッピングに基づき、ファーマコフォリックグループを認識します。 Screenは6種類のファーマコフォアタイプ（H-bond donor,H-bond acceptor,positively charged,negatively charged,aromatic,hydrophobic)をサポートしているほか、ユーザーが定義をすることもできます。

    Marvinで表示した２Dのアスピリンのと and 3Dのメラトニンの構造式。ファーマコフォアタイプにより着色しています。Acceptor（茶色）,donor（灰色）,anionic acceptor（青色）,aromatic donor（赤色）, hydrophobic（黒色）, Aromatic（緑色）

      screen.gif

    ディスクリプター

    Screenはトポロジー、物理/化学的プロパティーに基づきディスクリプターの計算が可能です。

    • BCUT,Chemical Fingerprint,Pharmacophore Fingerprint, ECFP/FCFPの利用が可能
    • ファーマコフォァフィンガープリントのファジースムージング
    • 様々な化学プロパティー(e.g. pKa,mass, partial charge distribution, etc)をscalarとBCUTディスクリプターに統合することが可能
    • ユーザー自身で生成/定義したディスクリプターを用いることが可能

    スクリーニング

    スクリーニングプロセスでは、多次元空間における、ディスクリプターの距離を測定し、クエリーに類似した化合物を特定します。 Screenのユーザーは個々のディスクリプターのタイプのメトリックスだけでなく、全体のディスクリプターセットに対しても広範なスクリーニング最適化オプションを利用することが出来ます。

    • 「仮説」スクリーニングプロセスを用いるとさらに高速でノイズの少ない結果が得られます
    • 100,000ディスクリプターを超えるスクリーニングをデスクトップパソコンで1秒で行えます

    最適化

    既知の活性を有する分子をトレーニングセットとして用います。本ソフトウエァはインターラクティブにスクリーニングを実行し、スクリーニング条件を最適化する為に、自動的に結果を比較します。最適化ステップは与えられた化合物ファミリーに対して選択性を向上します。最適化プロセスはチューニングされたパラメータのバリデーション、スクリーニング効果の統計解析を含みます。

    Drug Discovery Drama

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/screen/screen.html http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/screen/screen.html Screen Screen インシリコスクリーニング ヴァーチャルスクリーニング Tue, 01 Jan 2008 18:46:59 +0900     Reactor:バーチャルリアクションエンジン 合成可能なバーチャルライブラリーの作成 reactor.png

    Reactorはジェネリックな反応を用いてバーチャルライブラリーを作成するためのソフトウェアです。単にバーチャルな分子を作るのではなく、化学的に意味があり、合成できる可能性の高い化合物を生成するユニークなアプローチを採用しています。

    Chemical Term

    ケミカルタームとはChemAxonが考案した化学的ルールを記述するための言語で、化合物の物理化学的パラメータなどを複数組み合わせて、検索や条件設定に用いる事ができます。 Reactorでは、ジェネリックな反応の定義にChemical Termを利用しています。

    Reaction Library

    Reactorではジェネリックな反応をライブラリーとして提供致します。ChemAxonの提供するリアクションライブラリーは、単にジェネリックな構造（リアクタント、プロダクト）から反応を構成するだけでなく、反応が起こる種々の条件を組み合わせています。このユニークなアプローチによって、Reactorによって生成されたバーチャルライブラリーは実際に合成できる可能性が高くなっています。

    • 多段階反応のサポート
    • シーケンシャルモード、コンビナトリアルモードでの変換
    • 各種ファイルフォーマットのサポート
    • 高速なバーチャルライブラリの生成

    Reaction Libraryの例： Friedel-Crafts acylation

    reactor.gifC(a): aromatic carbon atom
    L[O, S]: oxygen or sulfur atom
    L[Cl, Br, I]: chlorine, bromine or iodine atom

    REACTIVITY: charge(ratom(1), "aromaticsystem") < -0.2
    SELECTIVITY: -energyE(ratom(1))
    TOLERANCE:0.02

    Directing rule: the electrophilic substitution takes place on the aromatic carbon atom with the lowest localization energy having an attached electrophile in the transition state. Aromatic carbon with the lowest localization energy provides the main product. Other aromatic carbons having similar localization energies (with less difference than 0.02) are also considered to lead to main products.

    EXCLUDE: match(ratom(2), "[C:1]C=C", 1) &&
    match(reactant(0), "[#15][H]") &&
    (max(pka(reactant(0), filter(reactant(0),
    "match('[O,S;H1]')"), "acidic")) > 14.5) &&
    (max(pka(reactant(0), filter(reactant(0),
    "match('[#7:1][H]', 1)"), "basic")) > 0)

    Exclude aromatic compounds containing nucleophilic groups (but do not exclude phenols) and also exclude acrylic halides.

    アニメーションによる機能紹介（英語）

    Virtual reaction design for chemists

    Experiences with Reactor in Pipeline Pilot - Isabella Haight (Abbott Labs)

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/reactor/reactor.html http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/reactor/reactor.html Reactor Reactor virtual chemistry virtual reaction Tue, 01 Jan 2008 18:41:01 +0900     Fragmenter:インテリジェントなフラグメント化ツール 効率的なバーチャルビルディングブロックの作成 fragmenter.png

    Fragmenterはドラッグデザインに用いるビルディングブロックを作成するためのソフトウェアです。 Fragmenterは与えられた分子をフラグメントに分解しますが、この時各フラグメントは切断に関する情報を保持しますので、これらのフラグメント情報を用いてバーチャルライブラリーを作成する事ができます。

    RECAP

    　

    FragmenterにはRECAPフラグメンテーションモジュールが付属しています。RECAP　(Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure) によるフラグメント化は確立した合成方法をベースとしていますので、この方法で生成されたフラグメントによって作られる化合物は、実際に合成できる可能性が高くなります。J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1998. 38. 511-522

    Fragment

    フラグメントは切断情報を含んでいるので、フラグメントから新たな化合物を作ることが迅速に行えます。

    • フラグメント作成ルールはカスタマイズする事ができます。
    • フラグメントの統計情報が得られます。
    • 高速なフラグメント発生アルゴリズムを採用しています。
    • 網羅的なフラグメント化が可能です。
    • フラグメント解析
    　

    入力構造に関連づけられた活性値などの情報は、フラグメント作成において、順位付けやフィルターリングに用いることができます。関連付けられたデータやフラグメントの大きさ、頻度に基づいてスコア化を行い、フラグメントの絞込みができます。

    Rグループの分解

    Fragmenterは化合物群をRグループに分解し、骨格と特定位置のフラグメントを特定する事ができます。

    各種ファイルフォーマットをサポート

    　

    MOL, MRV, RXN, SMILES, SMARTS, CML, SD File, RD File などのファイルを読み込む事ができます。

    インテグレーション

    Fragmenterは他のChemAxon社製品と簡単にインテグレーションする事ができます。

    関連リンク（英語）

     

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/fragmenter/fragmenter.html http://www.chemaxon.jp/virtual-chemistry/fragmenter/fragmenter.html Fragmenter Fragmenter RECAP フラグメント化 Tue, 01 Jan 2008 18:37:16 +0900     コンサルティングサービス 創薬IT、特にケムインフォマティックスに関するコンサルティング、システム開発サービスを提供しております。

    コンサルティングサービスの一例

    • 化学情報基盤再構築（Post ISIS Project)
    • 自社化合物登録システム導入
    • 試薬管理システム導入
    • 電子実験ノート導入
    • 試薬カタログ検索システム構築
    • その他

    詳細は弊社までお問合せ下さい 。

    Cheminformatics consulting

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/consulting/consulting-service.html http://www.chemaxon.jp/consulting/consulting-service.html コンサルテーション ケモインフォマティックス コンサルティング 創薬インフォマティックス Tue, 01 Jan 2008 10:35:19 +0900     SciTegic Pipeline Pilotコンポーネントコレクション scitegic_integration.pngSciTegic Pipeline Pilot用のコンポーネントを無償で提供しております。以下のPipeline Pilot用コレクションが利用できます。

    • Standardizer: 構造標準化
    • 計算及びフィルタリングの為のケミカルターム (logP, logD, pKa, HBD, HBA, Isoelectric point, PSA他を含む )
    • Reactor : "賢い！"バーチャルリアクションエンジン
    • Maximum Common Substructure (MCS) ベースのクラスタリング
    • IUPAC 名<-> 構造式変換 （両方向）
    • JChem Base へのアクセス: 挿入、検索、構造テーブルの作成・削除
    • Marvinアプレット:構造式の描画と表示
    • Major microspecies (major protonation form)
    • Microspecies distribution
    • Burden eigenvalue descriptor (BCUT)
    • MolConverter:ChemAxonがサポートする様々なフォーマットへの変換
    • Markush (generic structure) enumeration
    • Tautomerization: 互変異性体の生成 (all, dominant, major, canonical, generic)
    • コンフォマーの生成
    • 構造式画像の生成
    • RECAP fragmentation

    Pipeline Pilot Integration

    関連リンク

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/pipeline-pilot-integration/scitegic-pipeline-pilot.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/pipeline-pilot-integration/scitegic-pipeline-pilot.html Pipeline Pilot 連携 ChemAxon Pipeline Pilot SciTegic component Sat, 01 Mar 2008 00:35:44 +0900     Marvin View（マービンビュー）：構造式表示ツール 便利な構造表示ツール

    Marvin ViewMarvin ViewはSDファイルやSmilesなど様々な構造フォーマットのファイルを読み込み、テーブル形式やグリッド形式での表示が行えます。
    Marvin Viewはスタンドアロンの構造ブラウジングツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んで利用することもできます。

    関連リンク（日本語）

    関連リンク


     

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinview/marvin-view.html http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinview/marvin-view.html MarvinView MarvinView 構造式表示 Tue, 01 Jan 2008 14:23:28 +0900     Marvin Sketch(マービンスケッチ）：構造式描画 Webページ上でも利用可能な高機能構造描画ツール

    Standardizer GUI

    Marvin SketchはJavaベースの構造描画ツールです。直感的な操作で、構造・反応・クエリーの描画が可能です。
    Marvin Sketchはスタンドアロンの描画ツールとしての利用はもちろん、Webアプリケーションやカスタムアプリケーションに組み込んで利用することができます。Marvin Sketchでは各種ファイルフォーマット※の読み書きができ、Chem Draw ProやISIS/Drawなどからコピーペーストできます。また、豊富なプロパティー計算用プラグインモジュール「Calculator Plugins」を組み込み、pKaなどのプロパティー計算結果をグラフィカルに表示できます。

    高度なデータ互換性

    Marvinは様々な構造データフォーマットをサポートしています。例えば、MOL, SDF,RDF,RXN, SMILES, SMARTS, InChI, Mol2, Sybyl,CML, Gaussian Cube, PDB, XYZ, GZIPpend, Peptide Sequenceなどのファイルの読み書きが行えます。

    アニメーションによる機能紹介（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinsketch/marvin-sketch.html http://www.chemaxon.jp/marvin/marvinsketch/marvin-sketch.html MarvinSketch 構造式描画 Tue, 01 Jan 2008 14:09:10 +0900     Standardizer:構造式標準化ツール 構造表記の多様性の問題を解決

    Standardizer GUI Standardizerrは構造式標準化のモジュールで、様々な表記方法の構造式をルールに基づき標準的な表記方法に変換します。データベースに登録された構造式を標準化することで確実で効率的な検索が可能になります。

    構造表記を標準化し取り扱いを容易にします

    化学者は構造式を描くときは通常それぞれの化学者の好みの描画スタイルで描きます。このような原因により、異なる表記方法の同一の化合物が重複してデータベースに登録されたり、検索の際、意図した化合物がデータベースに存在するにも関わらず、検索に用いた表記方法と異なっている為にヒットしないといった問題が生じることがあります。また、コンピュータシステムによってバーチャルに化合物を生成した場合や外部から購入した化合物ライブラリのSDファイルを自社データベースに登録する際も同様の問題が生じることがあります。これらの問題はStandardizerrにより解決可能です。

    変換機能

    複数のソフトウェアによって生成されたバーチャルライブラリーや、外部の組織より入手した構造情報に関してとりわけ構造式表記の違いに起因する問題が起こりがちです。また、ケミストによって塩の表記や短縮表記の使い方が異なる場合があります。 Standardizerrは標準化により化学構造式のあいまいさを排除します。

    • アロマタイゼーション/デアロマタイゼーション
    • 水素原子表記の取扱い（表示/省略/立体を示す水素は省略しない）
    • メゾマーの変換（nitro,azide,etc）
    • トートマーの変換（oxo-enol,enamine-iminine,etc）
    • テンプレートに基づいたクリーニング
    • グルーピングの解除
    • 塩、溶媒の除去（サイズ,リスト）
    • バッチ処理機能
    • ユーザー指定の標準化ルールのサポート

    Instant JChemでのStandardizerの利用

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/standardizer/standardizer.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/standardizer/standardizer.html Standardizer ノーマライゼーション 構造式標準化 Tue, 01 Jan 2008 13:49:35 +0900     JChem Cartridge for ORACLE：構造検索エンジン Oracleのネイティブな環境で化学構造検索を実現

    jchem_cartridge.pngJChem Cartridge for ORACLEを用いると、ユーザーはオラクルで様々な検索が出来るようになります。SQLのSELECT文において構造条件に加え、Calculator Pluginsを組み合わせてご利用頂くとLogPなどの予測物性値などの条件を指定して検索ができるようになります。

    JChem Cartridgeは化学知識をORACLEに与えSQLによって化学構造式や化学反応式の検索や構造式に基づく化学的な計算を可能にします。

    JChem Cartridgeは他のJChem Baseアプリケーションと並行して動き、JChem CartridgeによってORACLE内に作成された化学データべースのテーブルへ複数のアプリケーションとデータをシェアすることを可能にします。 JChem CartridgeはORACLEネイティブなSQL言語によって、高速且つシームレスにJChemの能力にアクセスする為に開発されました。

    SQLの例

    SELECT cd_id, jc_contains(cd_smiles, smiles) FROM scott.jchemtable WHERE cd_id < 10;
    SELECT cd_id, jc_tanimoto(smiles, 'CN1C=NC2=C1C(=O)N(C)C(=O)N2C') FROM scott.jchemtable WHERE cd_id < 10;
    SELECT cd_id FROM scott.jchemtable WHERE jc_contains(smiles, 'CN1C=NC2=C1C(=O)N(C)C(=O)N2C') = 1;
    SELECT cd_id FROM scott.jchemtable WHERE jc_evaluate(smiles, 'logd( "7.4" )' ) > 2;

    関連リンク（英語）

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchemcartridge/jchem-cartridge.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchemcartridge/jchem-cartridge.html JChemCartridge JChem Cartridge データカートリッジ 構造検索 Tue, 01 Jan 2008 13:37:05 +0900     JChem Base：構造検索エンジン 高速かつ高度な構造/反応検索をサポート jchem_base.png

    JChem Baseは高速な検索アルゴリズムを搭載し、完全一致検索、部分構造検索、類似構造検索、スーパーストラクチャー検索、反応検索、さらに業界初のマーカッシュ(Markush)検索をサポートしています。

    また、これらの検索時には次のような複雑なクエリーを用いることができます。

    • SMARTSのサポート
    • アトムリスト、ノットリスト、スーパーアトム
    • チャージ、アイソトープ、ラジカル
    • 水素数、芳香族/脂肪族原子
    • リングサイズ、コネクティビティー ボンドタイプ、リング/チェイン
    • Rグループ
    • ステレオケミストリー

    様々なリレーショナルデータベースをサポート

    JChem BaseはOracleをはじめ、SQL Server、MySQL、DB2、PostgreSQLなどをサポートしており、使用目的に合わせて最適なリレーショナルデータベース管理システムを選択できます。

    Jchem BaseはGUI管理ツールを提供しており、データベース管理者は容易にテーブルの作成、構造データのインポート/エクスポートができます。

    開発効率の高いAPIを提供

    JChem BaseはJavaおよび.NET(JNBridge経由）対応の使い易いAPIを提供しております。構造検索や表示、化学的なデータのハンドリングをスムーズに行うことが出来ます。特にWebアプリケーションの開発のし易さで定評があります。

    様々なクライアントからアクセスが可能

    デスクトップ製品のInstantJChemをはじめWebアプリケーションやEXCEL,Spotfire,SciTegic PipelinePilotなどのサードパーティーアプリケーションからアクセスが可能です。

    化学的パラメータの組み合わせ（ケミカルターム）による検索

    ケミカルタームとはChemAxonが考案した化学的ルールを記述するための言語で、化合物の物理化学的パラメータなどを複数組み合わせて、検索や条件設定に用いる事ができます。

    JChem Baseでは、例えば、「任意の部分構造をもつリードライクな化合物」あるいは、「ある構造に類似したバイオアバイラビリティーの優れた化合物」といった条件で検索が行えるようになります。ケミカールタームで用いるパラメータは、検索実行時にオンザフライで計算されます。予め計算したプロパティーをデータベースに格納する必要はありません。（本機能のご利用にはCalculator Pluginが必要です。）

    What's new in JChem back-end

    関連リンク（英語）

     

    ]]>     http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchembase/jchembase.html http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchembase/jchembase.html JChemBase JChemBase 構造検索エンジン Tue, 01 Jan 2008 12:47:08 +0900