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Conformer Plugin
Conformer pluginは安定した3次元構造多数のコンフォマーを発生します。コンフォマーの安定性は分子動力学力場のフレームワークにおいて計算されたエネルギーの比較により評価されます。3次元構造は分子の物理化学的性質や反応に大きな影響を与えます。
関連リンク（英語）
- Download Marvin
- Free online tryout (Java required) - opens in new window
- NCI (Aug 2000) 2D>3D Coordinate generation result
- History of changes
- User Guide
- Instant JChem - GUI batch processor User Guide
- Calculator - command line batch processor User Guide
- Developer Guide
- API- opens in new window
- Technical introduction
- Calculator Plugins brochure
- Calculator Plugins Technical presentation
- Articles and Presentations
更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL
Molecular Dynamics Plugin:分子動力学計算（MD)
分子動力学シミュレーションは分子構造を動的に変化する実態として説明することを目的としています。
柔軟な分子の構造はコンフォマーを用いるよりも、分子動力学シミュレーションによって求めた軌跡を用いる方がより正確に説明ができます。
Molecular Dynamics Pluginは分子力学の力場を用いて原子核の位置を計算します。計算結果の軌道は分子の羅列やアニメーションにより確認することができます。
機能一覧:
- Display: 表示モード
- Frames: 軌跡フレームの個別表示
- Animation: アニメーションにより軌跡を表示
- Forcefield: 計算に用いる力場
- Integrator: ニュートン力学を解く為に用いる積分形式
- Simulation steps: シミュレーションステップ数
- Step time: シミュレーションステップ間の時間(fs)
- Initial temperature:系の初期温度(K)
- Start time of display: 表示される最初のシミュレーションフレームの時間(fs)
- Frame interval: シミユレーションフレームの表示間隔(fs)
関連リンク（英語）
- Download Marvin
- Free online tryout (Java required) - opens in new window
- History of changes
- User Guide
- Instant JChem - GUI batch processor User Guide
- Calculator - command line batch processor User Guide
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更新日：2008年1月 1日 | 本記事のURL
