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Spotfireとのインテグレーション

TIBCO社のSpotfire DecisionSite for Lead Discovery でChemAxon製品とのインテグレーションモジュールがリリースされました。本モジュールにより、以下の機能を提供します。

StructureView,マーカーラベル、テーブルでのMarvinを使った構造表示
MarvinSketchによる構造のエディット
JChemBaseへの構造検索

御参考資料：Integration of ChemAxon with DecisionSite for Lead Discovery(1.52MB,PDF)

更新日：2007年11月16日 | 本記事のURL

Marvin&JChemバージョン5.0をリリース

Marvin&JChemはアプリケーションプログラミングインターフェース（API）とグラフィックユーザインターフェースを備えたケモインフォマティクスソフトウェア群です。このほど様々な新機能や機能改善を含むメジャーバージョンアップが行われ、新バージョン5.0をリリース致しました。

Marvin 5.0の主な新機能

MarvinSketch: GUIのカスタマイズ機能(ISIS/Draw,ChemDrawライクな表示オプション等)、チェーン描画ツール、新規のグラフィックオブジェクト（角括弧、波括弧、山括弧), テキストボックスの配列機能と日本語入力対応
MarvinView: SDF、RDFのスプレッドシートライクな表示
Import/Export: IUPAC名の生成、Gaussianファイルの入出力
OLE対応 :ライブな構造オブジェクトをオフィス等に挿入可能に
Calculator Plugins: マーカッシュエニュメレーション

JChem 5.0の主な新機能

新しいテーブルタイプ:（マーカッシュライブラリ・クエリー形式の構造を格納）
新しい検索方法：マーカッシュ検索のサポート
OracleCartridge:より簡単なインストール、パフォーマンスの改善

更新日：2008年2月19日 | 本記事のURL

マーカッシュによるライブラリ定義と展開をサポート

マーカッシュ構造（Markush structures）はR-groupsと置換リストを用いて Marvinで描画することが可能です。アタッチメントポイントが定まっている場合は化合物ライブラリを表現することができ、それら個々の構造はMarkushEnumeration Plugin で生成することができます。.

libMCS v0.7 がリリース。より速く大容量のMCSを実現！

ChemAxonの MCS（Maximum Common Substructure、最大共通部分構造）クラスタリングツール(LibMCS) は自動的にもっとも大きくそしてもっとも高頻度に出現する骨格を任意の構造群から抽出します。構造は階層型にクラスター化されます。

バージョン0.7の主な改善:

APIが利用可能に (JChem 5.0.1~)
10万件以上の大きなデータセットが取り扱い可能に
処理がより高速に
クラスタリングの際、より多くの化学的特徴を考慮(リングを壊さずに保持、アトムおよびボンドタイプの一致、フォーマルチャージ等）
R-グループデコンポジション、R-テーブル表示の改善
出力オプションの改善

デスクトップ化学データベースInstant JChem2.3がリリース。

リレーショナルモデルに対応したデスクトップ化学データベース管理システムInstant JChem2.3がリリースされました。新バージョンはMavin/JChem5に対応し、より利用範囲が拡大されました。

主な新機能

Marvin/JChem 5 に対応
データベースにクエリー（検索構造式）とマーカッシュ形式のデータを格納可能に
フォーム作成機能の改善
プロジェクト共有機能（Enterprise版)

Instant JChemの詳細はこちらをご覧下さい。

更新日：2008年4月26日 | 本記事のURL

Marvinユーザーガイドの日本語版を公開しました。

以下よりアクセス可能です。

http://www.chemaxon.jp/jdoc/marvin_help/index.html

更新日：2009年10月19日 | 本記事のURL

JChem for Excel 1.1.3がリリースされました。

パワフルなEXCEL化学アドイン「JChem for EXCEL」の新バージョンがリリースされました。本リリースでは以下の新機能をサポートします。

新機能

Marvin/JChem 5.2.6 に対応
新しくなったインストーラーで、手動設定が不要に
構造式⇔イメージ双方の変換機能を実装
APIガイド（C# and VBA）を公開
PowerPointなどへの構造のコピー＆ペーストが可能に
JChem for Excelで作成した構造式付きのシートがJChem for Excelフリー版で参照可能に
ヒット部分の着色とアライメントが可能に
JCStandardizeStructureでルールファイルの指定が可能に

JChem for EXCEL の詳細はこちらのリンク先をご覧ください。

更新日：2009年12月14日 | 本記事のURL

PfizerがChemAxonのマーカッシュプラットフォームを採用。

2010年1月21日、ChemAxon（本社：ハンガリー・ブダペスト）はPfizerがマーカッシュ構造の検索とエニュメレーションのための同社のマーカッシュプラットフォームをグローバルで採用したと発表しました。
「ChemAxonのマーカッシュ構造の検索とエニュメーションは知的財産およびパテントの開発において決定的に重要になりつつある」とChemAxonのCEO Alex Drijver氏

Marvin 5.3がリリースされました。

このほどMarvin 5.3がリリースされました。主な新機能は下記の通りです。

主な新機能

分子の描画エラーを検出する"Structure Checker"アドオン
テンプレートライブラリの改善（カスタムディレクトリー、階層型管理）
MS Officeに埋め込まれるMarvinオブジェクトの描画品質の改善
Sprout drawingのサポート
ブラケットドローイングツールおよびブラケットの編集
MarvinSketchのキャンバスに一度に100個までの分子をインポート可能に
VMNファイル（Markush DARC format）のインポートおよびOSRA(Optical Structure Recognitionのフリーソフト)を用いて画像の構造式から構造式がインポート可能に（本機能の利用にあたってはOSRAのインストールと環境変数OSRAにインストール先パス名の設定が必要です。詳細はImage import in Marvinをご覧ください。）
CDXファイルエクスポート
メニューから直接ChemSpiderの検索が可能に

JChem5.3がリリースされました。

このほどJChem5.3がリリースされました。
主な新機能は下記の通りです。

主な新機能：

構造の描画エラーを検出する「Structure Checker」を実装
JChemのバージョンアップをスムーズにするJChem Tableのプレジェネレーションをサポート
検索クエリーとしてホモロジーグループ（Alkyl(chk)、Alkenyl(che)など）を指定可能に
Markush DARCのサポート（Thomson Reuters Merged Markush Serviceにて使用）
JChem CartridgeにMarkush機能を実装
JChem Web Services add-onにおいて、リレーショナルなデータハンドリングをサポート
Ajaxサンプルプログラムにおいて、スプレッドシートのソートを実装
Reactorにおいて、反応物のプレフィルタリング機能を実装し、エニュメレーションスピードを改善
JKlusterにおいて、Sphere ExclusionおよびK-Meansクラスタリング法をサポート

独立行政法人理化学研究所がInstantJChemを採用

創薬・医療技術基盤プログラムの化学データ管理にInstantJChemを採用

ライフサイエンス業界におけるケムインフォマティックスソフトウエアのリーディングプロバイダーChemAxon社は2010年9月1日、独立行政法人理化学研究所　創薬・医療技術基盤プログラムに、同社のInstant JChemをライセンスしたことを発表しました。
Instant JChemは、理研の創薬・医療技術基盤プログラムにおいて、化合物情報の登録およびその共有・解析の支援に利用されます。
Instan Jhemはローカルマシンやサーバーにある化学構造式およびその関連データの管理・活用を行うためのデスクトップアプリケーションです。同製品は、ChemAxonのJChemエンタープライズケモインフォマティックス技術を包含し、他の技術やデータソースとのインテグレーションが可能です。

プレスリリース原文リンク

更新日：2010年9月 2日 | 本記事のURL

無料の法規制物質チェックシステムを公開

弊社では2004年に国内で初めて法規制物質チェックシステムの開発を行いました。

以来大手製薬企業を中心に多数のお客様で採用頂き、多くの方に日々ご利用頂いております。

この度、CRAIS Checkerをまだご利用頂いていないお客様にもコンプライアンスレベルの向上に

お役に立てて頂ければと考え、製品の一部機能をCRAIS Checker Lightとして無償公開致しましたのでお知らせ致します。

ご利用方法：

1)弊社ウェブサイトから「CRAIS Checker Light」のバナーをクリック

2)利用規約をお読み頂き、同意頂ける場合は「同意する」ボタンをクリック

3)構造描画エリアをダブルクリックすると構造エディタが起動しますので、構造を描画または、他の構造描画ソフトからペーストします。

4)OK」ボタンをクリックして構造エディタを閉じます。

5)Check」ボタンをクリックすると、判定結果が表示されます。

※回線状況によっては、構造エディタを起動する際、表示までに時間がかかる場合があります。

※SDファイルやsmilesファイルの一括チェックにはログインIDが必要です。ご希望の方はsupport@patcore.comまでご連絡下さい。

対象法規制：

CRAIS Checker Lightでは麻薬四法と薬事法指定薬物をチェックの対象としています。

なお、製品版では上記に加え以下の法規制もサポートしています。

*輸出貿易管理令

*毒物劇物取締法

（特定毒物、毒物、劇物）

*化審法

（第1種特定化学物質、第2種特定化学物質、第1種監視化学物質）

*労働安全衛生法

（製造禁止物質、製造の許可を受けるべき有害物、がん原性物質、変異原性物質、特別管理物質）

*薬事法

（毒薬、放射性医薬品）

・消防法

（危険物第1類、危険物第5類）

*化学兵器禁止法

（特定物質、第一種指定物質、第二種指定物質）

参考リンク：

◎CRAIS Checker Light　FAQ

http://crais.jp/faq.html

◎CRAIS Checker製品版情報

http://www.patcore.com/compliance/crais-checker.html

◎姉妹製品の試薬管理システム「CRAIS Reagent」製品情報

http://www.patcore.com/compliance/crais-checker.html

更新日：2010年10月11日 | 本記事のURL

日本糖鎖科学統合データベースにJChemBaseが採用

文部科学省のライフサイエンス統合データベースプロジェクト（LSDB）の一環として産業技術総合研究所が推進する、日本糖鎖科学統合データベース(JCGGDB：http://jcggdb.jp)の化学構造検索エンジンにChemAxon社のJChem Baseが採用されました。
JChemBaseは化学構造の蓄積と検索を実現するケムインフォマティックスアプリケーションの開発ツールです。
JChem Baseは様々なリレーショナルデータベース管理システムと組み合わせることにより、高速な構造検索を実現します。
JChemBaseに関する情報は以下のリンクをご覧下さい。

http://www.chemaxon.jp/chemistry-engine/jchembase/

プレスリリース原文

更新日：2010年11月 4日 | 本記事のURL

chemicalize.org（ケミカライズ）に新機能を追加

ユーザーが指定したWebページから化学名を抽出し、化学構造式のアノテーションの付加及び物性計算を行うフリーのウェブサイトchemicalize.orgに新機能が搭載されました。主な新機能は下記の通りです。

Webサーチの追加 (化学名およびGoogleにおける非化学名のテキスト検索をサポート）
Webページパーサーの再設計
"ケミカライズ"されたページのトップに構造の目次を追加
ページ内で見つかった構造をSDファイルにダウンロード可能に
データページの改良

構造のダブルクリックで2D-3D ビユーワーをオープン
新規のボックス「Similar Structures」の追加
新規のボックス「Webpages」の追加（構造が記載されたWebページのリスト）
SMILESおよびInChI名の表示
計算結果をSDファイルにダウンロード可能に

初期のクエリーでヒットが得られなかった際、自動的に他のサーチタイプを試行
任意の構造をツールバーにドラッグ&ドロップ可能に
Firefox4およびInternet Explorer 9のサポート

詳細は変更履歴をご覧ください。

Introduction to chemicalize.org

更新日：2011年5月 6日 | 本記事のURL

JChem for SharePointの発売を開始

JChem for SharePoint はマイクロソフト社のSharePoint™（シェアポイント）で化学情報のハンドリングを実現します。本製品には構造の編集、構造検索およびプロパティー予測を行う為のWebパーツおよびカスタムリストが含まれています。本製品は製薬企業の研究開発パートナーと開発されました。

ChemAxonのJChemは業界をリードする化学情報基盤構築の為のツールキットで、化学構造式の保管、検索、キャラクタライズをサポートします。JChemChem for SharePoint Webパーツおよびカスタムリストの登場により、SharePointで構築されたイントラネットポータル、エクストラネット、ウェブサイト、ブログ、Wikiにエンタープライズケミストリー機能を容易に追加できるようになります。

詳細はJChem for SharePointの紹介ページをご覧ください。

更新日：2011年5月 6日 | 本記事のURL

Marvin 5.5 がリリースされました。

この度Marvin5.5がリリースされました。本バージョンで、より分子を美しく表示するなどの改善が行われました。主な新機能は下記の通りです。

遠近法表示における分子のビジュアライゼーションの改善（Bold Tool)
2Dおよび3Dにおけるアロマティックリング表示の改善
矢印キーによるスケッチキャンバスのスクロール、Ctrl+マウスホイールを用いたズームイン・アウトをサポート
反応式への特殊文字・シンボルの挿入
別れたエレクトロンフローを１つまたは2つのエレクトロンフローとして表示可能に
Structure > Find Structure Onlineで直接MarvinからChemSpiderに加え、PubChemの構造検索が可能に。また、chemicalize.orgでプロパティー計算が可能に
CxSmiles、CxSmartsフォーマットでsyn-antiおよびendo-exo isomersのインポートとエクスポートをサポート
Java 1.6 のサポート

JChem 5.5 がリリースされました。

今回のリリースでは、フォーミュラ検索の実装や軸不斉などの立体化学の拡張が行われました。主な新機能・改良点は以下の通りです。

立体化学の拡張（回転異性、軸不斉異性、シン-アンチ異性）のサポート
JChem Cartridgeにマーカッシュ機能を実装
Rグループ検索のパフォーマンスを改善
マーカッシュライブラリから基本的なRグループクエリーの生成が可能に
洗練されたフォーミュラ検索を実装

エーザイ株式会社のグローバル創薬インフラを受注

パトコア株式会社は、エーザイ株式会社（本社：東京・文京区）から、創薬研究の基幹情報を管理するためのソフトウェア「JChem Cartridge for ORACLE」のグローバルライセンスを受注致しました。

本システムはエーザイが世界に展開する研究開発拠点において、研究過程で創生された化学構造情報の管理に用いられます。

同時に以前より国内の研究拠点で利用されていた化学物質の法規制化合物チェックシステム「CRAIS Checker」をグローバルライセンスに移行し、ワールドワイドにコンプライアンス強化を推進します。

JChem Cartridge for ORACLE について

JChem Cartridge for ORACLE は、ハンガリーのケムアクソン社により開発された化学構造式や反応式を管理するためのソフトウエアです。従来の類似製品と比較して、高速かつ正確に化学構造を取り扱う事ができます。

CRAIS Checkerについて

CRAIS Checkerは化学構造式により様々な法規制に対する該当の有無を高精度で判定するシステムです。
膨大な種類の化学物質を扱う製薬企業などにおいては、常に最新の法規制に基づき、法規制物質の適正な取り扱いを行う必要がありますが、CRAIS Checkerを用いることで、より的確で効率的なコンプライアンス対応を実現します。
パトコアは国内ではじめて構造式に基づく法規制判定システムを商用化し、CRAIS Checkerは大手製薬企業のほとんどで採用されております。

ChemAxon（ケムアクソン）日本語ホームページ

Spotfireとのインテグレーション