MarvinSketch ユーザーガイド目次

内容

• MarvinSketchについて
• インストレーション/システム要件
• 使用方法
• ライセンス管理


• 画面構成
• Canvas
• メニュー
• ツールバー
• ポップアップメニュー
• ステータスバー
• ダイアログ
• キーボードショートカット
• 画面構成のカスタマイズ
• Configuration
• 画面構成のカスタマイズ - サーバ側の設定
• 基本操作
• ファイルフォーマット
• 切り取り/コピー/ペースト、ドラッグ&ドロップ機能
• 新しく構造を作成する
• 分子ファイルを開く
• 構造を保存する
• 印刷する
• 構造を描画する
  • 原子
  • ボンド
  • テンプレート
  • Sprouting
  • 配位化合物
  • Markush構造
  • 構造を反転させる（Flip）
  • 構造を反転させる（Mirror）
• 反応式を描画する
• R-groupを描画する
• その他のグループを描画する
• グラフィックオブジェクトとテキストボックスを描画する
• リンクノード（リンク原子）を描画する
• 構造を選択する
• 構造を削除する
• 構造の取り扱い
  • 構造を視覚的に編集する
  • ソースを編集する
  • クリーニング
  • 芳香環
• 立体化学
• 構造表示オプション
  • 移動と回転
  • 拡大/縮小
  • 構造の表示形式
  • 色
  • 明示的/非明示的 水素
  • 構造のエラー表示
• 2D/3D ビューワーの起動
• 構造描画形式のカスタマイズ
• 化学構造の取り扱い
• 価数のチェック
• Structure Checker（構造チェッカー）
• 電荷
• 反応式
• マッピング
• アイソトープ
• E/Z 立体化学
• 短縮形表記グループ（Abbreviated groups）
• リンクノード
• Groupの取り扱い
• ラジカル
• クエリーの取り扱い
  • R-group
  • Atomリスト
  • Notリスト
  • 汎用クエリー原子（Generic Atoms）
  • 原子プロパティ
  • 添付データ（Attached Data）
• 計算プラグイン
• Elemental Analysis Plugin
• IUPAC Naming Plugin
• 水素付加
  • pK_a Plugin
  • Major Microspecies Plugin
  • Isoelectric Point Plugin
• 分配
  • logP Plugin
  • logD Plugin
• 電荷
  • Charge Plugin
  • Polarizability Plugin
  • Orbital Electronegativity Plugin
• 異性体
  • Tautomerization Plugin
  • Resonance Plugin
  • Stereoisomer Plugin
• 配座
  • Conformer Plugin
  • Molecular Dynamics Plugin
• ジオメトリー
  • Topology Analysis Plugin
  • Geometry Plugin
  • Polar Surface Area Plugin (2D)
  • Molecular Surface Area Plugin (3D)
• Markush Enumeration Plugin
• その他
  • Hydrogen Bond Donor-Acceptor Plugin
  • Huckel Analysis Plugin
  • Refractivity Plugin
• プラグインの検証結果
• 参考文献
• 謝辞

Marvinユーザーガイド

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