MarvinSketchでは、価数エラーは自動的に修正されません。価数エラーがある原子は赤下線が表示されるので、適切な値に修正してください。Edit > Preferences で表示/非表示を切り替えられます。
MarvinSketchには、分子中の特殊な構造やエラーを検知して警告する構造チェッカー機能があります。MarvinSketchの画面上でチェックしたり、コマンドラインやAPIを介してバッチモードで利用（要ライセンス）することができます。詳細は、Structure Checkerを参照してください。
MarvinSketchでは、原子の電荷はあらかじめ中性で描画され、ボンドの追加/削除時も中性を維持するように非明示的水素の数を調節します。原子の電荷を変更する場合は、Atom ポップアップメニューから行います。変更された電荷に応じて、非明示的な水素数が調節され、価数エラー時には赤下線が表示されます。
MarvinSketchで反応式を描画する場合は、反応矢印を使います。反応矢印は場所、方向を問わず描画でき、矢印の始点にある構造は反応物、矢印に沿って存在する構造は試薬、矢印の先にある構造は生成物とみなされます。
MarvinSketchでは、原子にマップラベルを設定できます。原子インデックスは、化学構造が変化すると値も変更されますが、マップラベルは固有の値であるため、反応物中のある原子が生成物のどの原子に対応するかを設定できます。2つの原子に同じマップナンバーを割り当てる場合は、ツールバーの Reaction Button をクリックしてから初めの原子をクリックして、そのまま2番目の原子までドラッグして反応矢印を描画します。マップナンバーは Atom ポップアップメニュー でも設定でき、また Edit ポップアップメニュー では選択している原子に対して自動的にマップナンバーを割り当てられます。 さらに ショートカットキー を用いて、M1, M2, ...とマップナンバーを明示的に割り当てたり、M0でマップナンバーを削除したり、M= や M+ で順番にマップナンバーを割り当てることができます。
MarvinSketchで原子を同位体に変更する場合は、Atom ポップアップメニューを用います。
同位体リストはカスタマイズ可能です。 詳細
二重結合の立体表示を切り替える場合は、View > Stereo > E/Z Labels を選択すると、(E)、(Z)のようにラベル表示されます。
MarvinSketchには官能基を短縮表記で表した様々なテンプレートが用意されています。
MarvinSketchでは多くのテンプレート構造が使用できます。すべてのセットは、Groupメニュー内に含まれており、ショートカットからも使用できます。
使用方法は、Basic MarvinSketchのページに記載されています。
構造が描画される向きに応じて短縮表記の文字順番が変更されるため、結合の整合性は保たれます。詳細はこちらを参照してください。
よく使用する構造を、新しいグループとして簡単に登録できます。構造を選択して、Structure > Group > Group を選択して、Superatom (abbreviation)で登録します。必要に応じて、アタッチメントポイントを定義します。 詳細
ユーザー定義の短縮形表記グループは、通常はそのセッションのみでの使用になりますが、今後も使用する場合は、My Templates に追加してください。Groupメニューやショートカットからも利用できるようになります。
リンクノードは、環構造や側鎖の長さをクエリー構造に含めることができます。下記の例ですと、炭素の数は1から7の間になります。
Groupに関するメニューは、Structure
> Group サブメニューか、Group構造上で右クリックすることで使用できます。
右クリックメニューで Contract を選択するか、Structure > Group > Contract Group をメインメニューから選択すると、1つの構造を選択している場合はそのGroup構造を、それ以外の場合はすべてのGroup構造を短縮形表記にします。
右クリックで Expand Group を選択するか、Structure > Group > Expand Group をメインメニューから選択すると、1つの短縮形表記を選択している場合はそれのみを、そうでない場合はすべての短縮形表記を元の構造に戻します。
右クリックで Ungroup を選ぶと、その分子からGroup設定を取り除きます。構造は残りますが、Groupの定義はなくなり、Expand/Contract機能は使用できません。
アタッチメントポイントを定義/削除する場合は、Group内の原子上で右クリックし、Group > Attachment Point のチェックボックスを選択します。
MarvinSketchでは、 原子をラジカルとして取り扱うことができます。
原子をラジカルに変更する場合は、原子上で右クリックしてAtom
ポップアップメニューを表示させて、Radicals サブメニューからラジカルのタイプを選択します。ラジカル表記は元素記号の隣に表示され、価数エラーがある場合は赤下線が表示されます。
JChem クエリーガイド では、JChemの機能を利用したクエリー構造の作成方法について、詳細な情報を提供しています。次に示すいくつかの方法は、MarvinSketchでも利用できます。
MarvinSketchでは、構造内でR-group構造を指定できるため、R-group
クエリー として使用するのに便利です。R-groupは、ユーザーが自由に定義できる部分構造のリストであり、クエリー構造の中にR-groupを含めると、1つのクエリーのみで短時間での幅広い部分構造検索が可能になります。
構造にR-groupを定義したり、変更を行う場合は、Atom
ポップアップメニュー か、R-groupのラベルをキーボードで入力します。
R-groupとして定義する部分構造を選択して、R-groupのラベルを Periodic
Table から選択するか、R-groupのラベルをキーボードから入力 します。 Occurrence（発生頻度）、RestH（水素を含めるか）、If-then 条件をクエリーに加える場合は、Editポップアップメニュー/Attributes メニューからR-Logicダイアログを表示させます。
MarvinSketchでは、Atomリストクエリーを構造に追加することができます。Atomリストとは、複数の原子を指定して「それらのうちのどれか」を含むターゲット構造をヒットとみなすクエリーです。
Atomリストを追加する場合は、Periodic
Table 内の Atom
List ボタンを選択し、リストに追加する元素を選択してください。マウスをキャンバスに移動させて、対象となる原子をクリックすると、Atomリストが追加されます。
Notリストとは、複数の原子を指定して「それらのうちのどれか」を含むターゲットを除外することができるクエリーです。クエリー構造中のある原子にNotリストが定義されている場合は、その原子の位置の元素が、Notリストで定義されていない原子であるならばヒットとみなします。
Notリストを構造に追加する場合は、Periodic Table 内の Not List ボタンを押し、リストに追加する元素を選択してください。マウスをキャンバスに移動させて、対象となる原子をクリックすると、Notリストが追加されます。
汎用クエリー原子を使用すると、広い範囲の元素をクエリー構造に含めることができます。MarvinSketchでは、Any と Hetero の2種類の汎用クエリー原子を用意しています。
"Any"と定義された原子は、どの元素でもヒットとみなします。
"Q"と定義された原子は、ヘテロ原子（水素と炭素以外のすべての元素）であればヒットとみなします。
汎用クエリー原子をクエリー構造に追加する場合は、Periodic Table から選択してキャンバス上にマウスで描画してください。
クエリー構造に、原子周辺の化学的環境、例えば水素の数、価数、リングの大きさ、芳香性などに関するクエリーを設定することができます。
原子プロパティを新しく定義したり、変更する場合は、Periodic Table の Atom query properties ボタンをクリックしてから、対象となる原子をクリックします。
原子やグループに情報を付加することができます。例えば、クエリーで使用する検索条件を含めることができます。詳細は、JChemクエリーガイドを参照してください。
原子やグループを1つ選択して、ポップアップメニューから Add > Data... や Data... をそれぞれ選択します。ダイアログが表示されますのでデータを入力して、OKをクリックします。添付したデータはいつでも編集することができます。その原子やグループ、データラベルを右クリックして、Edit Data...をポップアップメニューから選択します。
ラベルの位置は、absolute, relative, next to objectsの3通りに設定できます。Absoluteは固定されたラベルで、分子構造とは個別に移動できますが、分子構造が移動しても、ラベルの位置はそのままです。Relativeも分子構造とは個別に移動させることができますが、分子構造が移動すると、ラベルも分子構造との位置関係を保ったまま移動します。Next to objectsの場合、ラベルは常にオブジェクトの隣に存在します。
データが添付されているオブジェクト上にマウスカーソルを移動させると、添付データの詳細がハイライト表示されます。
URLも添付データとして定義することができます。wwwから始まり、2つ以上のピリオドを含んでいると、webページのリンクとして認識されます（スペースが入っていてはいけません）。<scheme>://<authority><path>?<query>#<fragment> の形式も認識できます。ダブルクリック、またはCtrlを押しながらリンクをクリックすると、webページが開きます。リンクには通常下線は表示されません。
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