MarvinSketch ツールバー

ツールバーには、よく使用するコマンドがボタンとして用意されています。そのコマンドを使用したい場合はボタンをクリックしてください。コマンドが使用できない場合は、ボタンがグレー表示になります。

メモ: マウスカーソルをボタン上に移動させると、ボタンの名称が表示されます。

General Toolbar

Rectangle Selection 長方形モードで選択します。
Lasso Selection 投げ縄モードで選択します。
Structure Selection 構造単位で選択します。構造の一部を選択するだけで、構造全体を選択できます。
Erase 選択範囲を削除します。
Undo 直前の操作の実行結果を元に戻します。
Redo 直前の操作と同じ操作を行います。
Cut 選択範囲を切り取ってクリップボードに保存します。
Copy 選択範囲をコピーしてクリップボードに保存します。
Paste クリップボードの内容をカーソル部分に貼り付けます。
Check Structure 化学構造をチェックして、正しい構造に修正します。詳細は、Structure Checker in MarvinSketch をご参照ください。
Zoom In キャンバスを拡大します。
Zoom Out キャンバスを縮小します。
Zoom Tool キャンバスの倍率を特定の値に設定します。また、All, Selection, Scaffold, R-groupsの各部分構造に沿った拡大/縮小も可能です。
Help Contents MarvinSketchユーザーガイドを表示します。

Tools Toolbar

様々なコマンドグループが集められており、化学構造に関するもの(ボンド、反応矢印など)は黒表記で、グラフィックオブジェクトに関するものは青表記になっています。矢印は、反応を表す矢印としては1つしかキャンバスに描画できませんが、グラフィックオブジェクトとしての矢印は複数描画できます。

Insert Bond 様々な種類のボンドを挿入します。
Insert Chain 炭素鎖を挿入します。マウスをドラッグさせることで、炭素の数を調節できます。
Insert Text テキストオブジェクトを挿入します。テキストのプロパティは新しく表示されるツールバーで変更できます。
Insert Reaction Arrow 様々な種類の矢印を挿入します。
Create Group 短縮表記グループを作成します。
Insert Brackets 丸括弧( )、角括弧[ ]、波括弧{ }、山形括弧< >を挿入します。
Insert Graphics 様々な図形オブジェクトを挿入します。
Increase Charge 選択した原子の電荷を増やします。新しい電荷に応じて、非明示的な水素は適切に配置され、原子価エラーは赤下線でハイライトされます。
Decrease Charge 選択した原子の電荷を減らします。新しい電荷に応じて、非明示的な水素は適切に配置され、原子価エラーは赤下線でハイライトされます。

Atoms Toolbar

Periodic System 元素周期表とクエリー/原子プロパティ描画ウインドウを表示します。
Insert Hydrogen 水素原子を挿入します。
Insert Carbon 炭素原子を挿入します。
Insert Nitrogen 窒素原子を挿入します。
Insert Oxygen 酸素原子を挿入します。
Insert Sulfur 硫黄原子を挿入します。
Insert Fluorine フッ素原子を挿入します。
Insert Phosphorus リン原子を挿入します。
Insert Chlorine 塩素原子を挿入します。
Insert Bromine 臭素原子を挿入します。
Insert Iodine ヨウ素原子を挿入します。

Chemical Toolbar

このツールバーで、構造操作に関する機能を使用できますが、デフォルトでは表示されていません。
表示するには、View > Toolbars > Chemical を選択してください。

Clean 2D 構造の新しい2次元座標を計算します。
Clean 3D 構造の新しい3次元座標を計算して、最安定エネルギーの配座が表示されます。これは簡単なエネルギー関数(Dreidingタイプの分子力学)で計算されています。
Convert to Aromatic Form transformation method setを用いて、構造をアロマティック表記します。
Convert to Kekulé Form 構造をアロマティック表記から元に戻します。

Markush Toolbar

このツールバーには、Markush構造を取り扱う場合に便利な機能が集められています。デフォルトでは表示されていません。
表示するためには、View > Toolbars > Markush を選択してください。

Position Variation Bond 官能基に結合する原子を特定せず、範囲で指定できる可変結合部位を設定します。
Frequency Variation ある部分構造が特定の回数繰り返されることを表現する、反復部分構造を設定します。

Advanced Templates Toolbar

このツールバーにはテンプレート構造のボタンがあります。
このツールバーで可能な操作:
  1. ツールバーでは、異なるテンプレートグループを表示させることができます。
  2. どんな構造でも、My Template groupに追加できます。

Simple Templates Toolbar

一般的なテンプレート構造を用いたい場合には、6構造から構成されるシンプルテンプレートツールバーがあります。 このツールバーはデフォルトでは非表示なので、表示するには、 View > Toolbars > Simple Templates を選択してください。

Cyclopentane (house)
Pyrrole
Cyclopentane
Cyclohexane
Benzene
Naphthalene