MarvinSketch ポップアップメニュー

MarvinSketchで使用できるポップアップメニュー（コンテクスト/右クリックメニューとも呼びます）は、次の4つになります。

Atom ポップアップメニュー

Bond ポップアップメニュー

Object ポップアップメニュー

Edit ポップアップメニュー

選択時のポップアップメニューは原子、ボンド、またはオブジェクト選択時にのみ表示されます。

ポップアップメニュー表示時は、下記の複数のポップアップメニューが同時に表示されます。例えば、原子を選択して右クリックした場合、AtomポップアップメニューとEditポップアップメニューがまとめて表示されます。

Atom ポップアップメニュー

Atom ポップアップメニューは、キャンバスの原子上で右クリックをした時に表示され、原子操作に関するメニューになります。

メニュー	内容
Stereo	反応立体表記、拡張立体表記を原子に定義します。詳細は Enhanced stereo specification を参照してください。
Charge	-128から128の範囲で、電荷を原子に割り当てます。Marvinは赤下線で価数エラーを知らせるのみで、全ての原子に上記の範囲でどのような値も設定可能です。例えば、-5の電荷を持つ水素原子は現実にはありえませんが、Marvinでは設定できます。
Valence	0から8の間で、原子の価数を変更できます。
Radical	選択した原子をラジカルにします。一価、二価、二価の一重項、二価の三重項、三価、三価の二重項、三価の四重項のラジカルが選択できます。Offのオプションを選択すると、原子のラジカル表記を削除します。
Isotope	Isotope サブメニューには、選択した元素の同位体番号がリスト化されており、選択した元素に対応してリストは動的に変化します。同位体番号を設定、または変更したい場合はその同位体番号を、同位体番号を削除したい場合はOffを選択してください。
Map	選択した原子に、構造が変化しても変更されないマップ表記を付加します。これは反応を描画する際に便利であり、SMILESやMDLフォーマットでも保存されます。
R-group	選択した原子を、置換基を表現できる R-group に変換します。
Link Node	リンクノードは、特定部位の環の大きさや側鎖の長さのクエリーを設定できます。
Attachment Point	選択原子がグループ（R-group、短縮形表記）の一部分だった場合に、アタッチメントポイントを定義できます。
Delete	原子を削除します。
Add Branch	選択原子の非明示的な水素を新しいボンドに置換します。原子がこれ以上ボンドを持てない場合、このオプションは使用できません。
Format	原子の表示方法を変更します。
Add To My Templates	選択している構造を"My Templates"グループに追加します。追加された構造はテンプレートライブラリとアドバンステンプレートツールバーに表示されます。

メニュー

内容

Stereo

反応立体表記、拡張立体表記を原子に定義します。詳細は Enhanced stereo specification を参照してください。

Charge

-128から128の範囲で、電荷を原子に割り当てます。Marvinは赤下線で価数エラーを知らせるのみで、全ての原子に上記の範囲でどのような値も設定可能です。例えば、-5の電荷を持つ水素原子は現実にはありえませんが、Marvinでは設定できます。

Valence

0から8の間で、原子の価数を変更できます。

Radical

選択した原子をラジカルにします。一価、二価、二価の一重項、二価の三重項、三価、三価の二重項、三価の四重項のラジカルが選択できます。Offのオプションを選択すると、原子のラジカル表記を削除します。

Isotope

Isotope サブメニューには、選択した元素の同位体番号がリスト化されており、選択した元素に対応してリストは動的に変化します。同位体番号を設定、または変更したい場合はその同位体番号を、同位体番号を削除したい場合はOffを選択してください。

Map

選択した原子に、構造が変化しても変更されないマップ表記を付加します。これは反応を描画する際に便利であり、SMILESやMDLフォーマットでも保存されます。

R-group

選択した原子を、置換基を表現できる R-group に変換します。

Link Node

リンクノードは、特定部位の環の大きさや側鎖の長さのクエリーを設定できます。

Attachment Point

選択原子がグループ（R-group、短縮形表記）の一部分だった場合に、アタッチメントポイントを定義できます。

Delete

原子を削除します。

Add Branch

選択原子の非明示的な水素を新しいボンドに置換します。原子がこれ以上ボンドを持てない場合、このオプションは使用できません。

Format

原子の表示方法を変更します。

Add To My Templates

選択している構造を"My Templates"グループに追加します。追加された構造はテンプレートライブラリとアドバンステンプレートツールバーに表示されます。

Bond ポップアップメニュー

Bond ポップアップメニューは、キャンバスのボンド上で右クリックした時に表示され、そのボンドに関する操作が可能です。

メニュー	サブメニュー	内容
Type	Single	選択したボンドをシングルボンドにします。
Double	選択したボンドをダブルボンドにします。
Triple	選択したボンドをトリプルボンドにします。
Aromatic	選択したボンドをアロマティックボンドにします。
Bold Single	選択したボンドを太いシングルボンドにします。
Query bond types	選択したボンドをクエリーで使用できるタイプに変更します。（Upボンド、Downボンド、UpまたはDownボンド、CisまたはTransのダブルボンド、Cis/Transまたは非明示のダブルボンド、シングル/ダブルボンド、シングル/アロマティックボンド、ダブル/アロマティックボンド、anyボンド）
Attributes	Stereo Search	現在の構造をクエリーとして使用する場合に、立体化学配置を決定します。
In Ring	構造がクエリーとして使用される際に、環のボンドとして認識されるように設定します。
In Chain	構造がクエリーとして使用される際に、鎖状のボンドとして認識されるように設定します。
Reacting Center	Reacting center bond を参照してください。
Align	Vertical	選択したボンドが垂直になるように構造を移動します。
Horizontal	選択したボンドが平行になるように構造を移動します。
Delete	ボンドを削除します。
Format	ボンドの表示方法を変更します。
Add To My Templates	選択している構造を"My Templates"グループに追加します。追加された構造はテンプレートライブラリとアドバンステンプレートツールバーに表示されます。

メニュー

サブメニュー

内容

Type

Single

選択したボンドをシングルボンドにします。

Double

選択したボンドをダブルボンドにします。

Triple

選択したボンドをトリプルボンドにします。

Aromatic

選択したボンドをアロマティックボンドにします。

Bold Single

選択したボンドを太いシングルボンドにします。

Query bond types

選択したボンドをクエリーで使用できるタイプに変更します。（Upボンド、Downボンド、UpまたはDownボンド、CisまたはTransのダブルボンド、Cis/Transまたは非明示のダブルボンド、シングル/ダブルボンド、シングル/アロマティックボンド、ダブル/アロマティックボンド、anyボンド）

Attributes

Stereo Search

現在の構造をクエリーとして使用する場合に、立体化学配置を決定します。

In Ring

構造がクエリーとして使用される際に、環のボンドとして認識されるように設定します。

In Chain

構造がクエリーとして使用される際に、鎖状のボンドとして認識されるように設定します。

Reacting Center

Reacting center bond を参照してください。

Align

Vertical

選択したボンドが垂直になるように構造を移動します。

Horizontal

選択したボンドが平行になるように構造を移動します。

Delete

ボンドを削除します。

Format

ボンドの表示方法を変更します。

Add To My Templates

Object ポップアップメニュー

このメニューはテキスト、括弧などのグラフィックオブジェクト上で右クリックした時に表示されます。

メニュー	内容
Bring to Front	選択しているオブジェクトを最前面に移動させます。
Send to Back	選択しているオブジェクトを最背面に移動させます。
Delete	オブジェクトを削除します。
Format	オブジェクトの表示方法を変更します。
Add To My Templates	選択している構造を"My Templates"グループに追加します。追加された構造はテンプレートライブラリとアドバンステンプレートツールバーに表示されます。

メニュー

内容

Bring to Front

選択しているオブジェクトを最前面に移動させます。

Send to Back

選択しているオブジェクトを最背面に移動させます。

Delete

オブジェクトを削除します。

Format

オブジェクトの表示方法を変更します。

Add To My Templates

Edit ポップアップメニュー

Edit ポップアップメニューはキャンバス上で右クリックした時に表示されます。原子やボンド、オブジェクト上で右クリックした場合は、Edit ポップアップメニューと、カーソル下にある要素のポップアップメニューが一緒に表示されます。
Edit ポップアップメニューの項目は下記になります:

メニュー	内容
Add/Remove Explicit Hydrogens	明示的な/非明示的な水素表示を切り替えます。非明示的な水素は文字のみの表記に対して、明示的な水素はボンドと共に表示されます。
Add/Remove Map Atoms	automapperツールを用いて、選択している原子に自動的にmapナンバーを割り当てます。
Add/Remove Data	stoichiometry係数などのデータを付加/削除します。
Add/Remove Absolute Stereo (CHIRAL)	キラルフラグを設定/削除します。
Add Multi-Center	multi-centerアタッチメントポイントを原子に設定します。
Add Position Variation Bond	可変結合ボンドを作成します。
Edit Data	stoichiometry係数などのデータを編集します。
Link Node	特定部位の環の大きさや側鎖の長さのクエリーを設定できます。
R-Logic	R-Logicダイアログで、Occurrence（発生頻度）、Rest H（水素を含めるか）、If/ThenなどR-groupの詳細な設定を行います。
Merge Reaction Fragments	選択している複数のフラグメントを反応物、生成物、または試薬としてまとめます。
Split Reaction Fragments	以前まとめたフラグメントを元に戻します。
Format	原子やボンドの表示方法を変更します。
Add To My Templates	選択している構造を"My Templates"グループに追加します。追加された構造はテンプレートライブラリとアドバンステンプレートツールバーに表示されます。

メニュー

内容

Add/Remove Explicit Hydrogens

明示的な/非明示的な水素表示を切り替えます。非明示的な水素は文字のみの表記に対して、明示的な水素はボンドと共に表示されます。

Add/Remove Map Atoms

automapperツールを用いて、選択している原子に自動的にmapナンバーを割り当てます。

Add/Remove Data

stoichiometry係数などのデータを付加/削除します。

Add/Remove Absolute Stereo (CHIRAL)

キラルフラグを設定/削除します。

Add Multi-Center

multi-centerアタッチメントポイントを原子に設定します。

Add Position Variation Bond

可変結合ボンドを作成します。

Edit Data

stoichiometry係数などのデータを編集します。

Link Node

特定部位の環の大きさや側鎖の長さのクエリーを設定できます。

R-Logic

R-Logicダイアログで、Occurrence（発生頻度）、Rest H（水素を含めるか）、If/ThenなどR-groupの詳細な設定を行います。

Merge Reaction Fragments

選択している複数のフラグメントを反応物、生成物、または試薬としてまとめます。

Split Reaction Fragments

以前まとめたフラグメントを元に戻します。

Format

原子やボンドの表示方法を変更します。

Add To My Templates

選択時のポップアップメニュー

メニュー	内容
Recent	Recentサブメニューは、以前キャンバスに呼び出した原子やテンプレートのリストで、リストから構造を選ぶことにより、その構造を描画できます。ボンドは含まれません。
Cut	選択対象をクリップボードに切り取ります。
Copy	選択対象をクリップボードにコピーします。
Copy as	選択対象を指定した形式でクリップボードにコピーします。
Paste	クリップボードの中身を貼り付けます。
Select All	キャンバス内のすべてのフラグメントやオブジェクトを選択します。
Create Group	選択している部分構造の短縮形表記を作成します。グループの作成と使用方法は S-group を参照してください。
Flip	構造を反転させます。サブメニューで平行/垂直が選択できます。
Mirror	鏡に映したように立体表記を逆にして、構造を反転させます。サブメニューで平行/垂直が選択できます。

メニュー

内容

Recent

Recentサブメニューは、以前キャンバスに呼び出した原子やテンプレートのリストで、リストから構造を選ぶことにより、その構造を描画できます。ボンドは含まれません。

Cut

選択対象をクリップボードに切り取ります。

Copy

選択対象をクリップボードにコピーします。

Copy as

選択対象を指定した形式でクリップボードにコピーします。

Paste

クリップボードの中身を貼り付けます。

Select All

キャンバス内のすべてのフラグメントやオブジェクトを選択します。

Create Group

選択している部分構造の短縮形表記を作成します。グループの作成と使用方法は S-group を参照してください。

Flip

構造を反転させます。サブメニューで平行/垂直が選択できます。

Mirror

鏡に映したように立体表記を逆にして、構造を反転させます。サブメニューで平行/垂直が選択できます。