MarvinSketch メニュー

メニューバーには、MarvinSketchで使用できるほぼ全てのコマンドが収められており、
コマンドが種類別にまとめられ、次のような構成になっています:

File メニュー
New, Open, Save, Print, Close などのファイル操作に関するコマンドです。 （注: 一部のアプレットでは、すべての機能が使用できない場合があります。）
Edit メニュー
コピー/ペースト、構造の選択/消去のような一般的な編集機能と、Marvin独自の編集機能を提供します。
View メニュー
構造自体に変更を加えずに表示方法を変更できます。 構造の描画タイプ、背景色、カラースキーム、エラー部分のハイライト表示項目が変更できます。
こちらも参照してください: 構造表示オプション
MarvinSketch画面構成の変更もできます。
Insert メニュー
構造テンプレート、ボンド、反応矢印、テキストボックス、構造のIUPAC名が入ったテキストボックスなどをキャンバスに描画できます。
こちらも参照してください: グラフィックオブジェクトとテキストボックスの描画方法
Atom メニュー
電荷、ラジカル、原子マップなど原子に関連するプロパティを変更できます。
Bond メニュー
ボンドの種類、トポロジー、反応中心などボンドに関するプロパティを変更できます。
Structure メニュー
分子クリーニング、アロマタイゼーション、反応の取り扱いなど構造に関する機能を提供します。
Tools メニュー
計算プラグイン を提供します。
Help メニュー
MarvinSketchについて、技術的詳細、ライセンス管理についての情報を提供します。

メニューリファレンス

File メニュー

Clear Desk キャンバス上のすべての分子構造とオブジェクトを削除します。
New Window MarvinSketchウインドウを新しく開きます。
Open 保存してある分子ファイルを開きます。それまで保存されていない内容はすべて失われます。
Open Image OSRAソフトウェアを用いて、画像ファイルを分子構造に変換します。
Recent Files 最近使用したファイルのリストです。
Close 現在開いているファイルを閉じます。
Save 現在の状態を、今開いているファイルに同じ形式で保存します。新しい状態で作業をしていた場合は、Save Asと同機能になります。
Save As 現在の状態を、別のファイル名、ファイル形式で保存します。
Save As Image 分子をイメージで保存します。保存されたイメージはMarvinで編集できません。
Document Settings multipage molecular documentを作成します。ページを複数作成することにより、多くの構造を描画することが可能です。
Print 現在のキャンバスイメージを印刷します。
Exit 画面構成の設定、環境設定、My Templatesを保存してMarvinSketchを終了します。

Edit メニュー

Undo 直前の操作の実行結果を元に戻します。
Redo 直前と同様の操作を再び行います。
Cut 選択範囲を切り取ってクリップボードに保存します。
Copy 選択範囲をコピーしてクリップボードに保存します。
Copy As 選択範囲を特定の形式でコピーしてクリップボードに保存します。
Copy As Smiles 選択範囲をSMILESとしてコピーしてクリップボードに保存します。
Paste クリップボードの内容をカーソル部分に貼り付けます。
Delete 選択範囲を削除します。
Select All キャンバス上のすべての構造、グラフィックオブジェクトを選択します。
Transformation > Drag Selection マウスのドラッグによって、選択範囲の座標を変更します。
Transformation > Rotate in 2D キャンバス平面上で回転させることによって、選択範囲の座標を変更します。
Transformation > Rotate in 3D 選択範囲の座標を、3次元上で変更します。
Transformation > Switch Transformation transformationモードを、 2次元での平行移動、2次元での回転、3次元での回転と順に変更します。
Transformation > Group Flip 非選択部分と結合しているボンドを軸として、立体中心を保持したまま構造の選択部分を180度回転させます。立体情報を保持するようにwedgeボンドスタイルは変更されます。
Transformation > Horizontal Flip 立体中心を保ったまま、選択範囲を水平に反転します。
Transformation > Vertical Flip 立体中心を保ったまま、選択範囲を垂直に反転します。
Transformation > Mirror Horizontally 立体中心を反転させて、選択範囲を水平に反転します。
Transformation > Mirror Vertically 立体中心を反転させて、選択範囲を垂直に反転します。
Object > Bring to Front 選択しているオブジェクトを最前面に移動させます。
Object > Send to Back 選択しているオブジェクトを最背面に移動させます。
Format 原子やボンドの表示プロパティを変更します。
Source Edit Source ウインドウで、分子のソースを直接編集することによって、分子を修正できます。 サポートしているファイル形式であれば、どの形式でも参照・編集できます。
Import Name IUPAC Name形式のソースウインドウを開きます。ここにIUPAC名を直接入力して、構造に変換できます。
Preferences Preferences dialogウインドウで、 MarvinSketchの描画オプション、look & feel（メニューの外観）、構造エラーのハイライト、オブジェクトの見せ方を変更できます。

View メニュー

Transformation > Sketch キャンバスに描画可能なスケッチモードになります。
Transformation > Zoom マウスをドラッグすることで、原子座標を変更することなくキャンバスを拡大/縮小することができます。
Transformation > Rotate in 3D 原子の重心を中心として、原子座標を変更することなく3次元で構造を回転できます。
Transformation > Reset View 拡大/縮小、回転された構造を元の状態に戻します。
Zoom 特定の拡大率をリストから選択できます。
Display > Atom Symbols in 3D 元素表示を3Dモードでも参照できるようにします。3DモードでWireframe and Stickモード時、元素表記をやめることによって原子が表示されなくなります。
Display > Wireframe ボンドを線として、原子（炭素を除く）を文字で表記します。
Display > Wireframe with Knobs ボンドを線として、炭素を黒い点として、その他の原子を文字として表記します。
Display > Stick ボンドを太線として、原子（炭素を除く）を文字で表記します。
Display > Ball and Stick ボンドを太線として、原子を陰影のあるボールとして表示し、炭素と水素を除いた原子にはボール上に元素記号が表示されます。
Display > Spacefill 原子を大きな陰影のあるボールとして表示し、炭素と水素を除いた原子にはボール上に元素記号が表示されます。
Display > Quality > Low Quality 低解像にします。
Display > Quality > High Quality 高解像にします。
Colors > Monochrome すべての原子をデフォルトの描画色にします。
Colors > CPK すべての原子をCorey-Pauling-Kultun colorsで表示します。
Colors > Shapely 核酸・アミノ酸用のRasMolのshapely color schemeで表示します。
Colors > Group PDB残基番号に基づいて色分けします。
Colors > Atom/Bond Sets 原子とボンドの色を、Edit > Format などで予め定義した色に従って変更します。
Colors > Background 背景色を変更できます。描画色は背景に合わせて変更されます。
Colors > White Background 背景色を白にします。描画色は黒になります。
Colors > Black Background 背景色を黒にします。描画色は白になります。
Stereo > R/S Labels > All R/S Labels 原子のキラリティー (R/S) を表示します。
Stereo > R/S Labels > Absolute Stereo キラルフラグが分子に設定されている場合、原子のenhanced stereoがabsoluteの場合に、原子のキラリティーを表示します。
Stereo > R/S Labels > No R/S Labels 原子のキラリティー (R/S) を非表示にします。
Stereo > E/Z Labels 二重結合の立体ラベル表示を切り替えます。(E)、(Z)のようにラベルされます。
Stereo > Absolute Labels 分子にキラルフラグが設定されている場合に、Absoluteラベル表示を切り替えます。
Implicit Hydrogens > On All

全ての非明示的な水素原子を表示します。このオプションはSpacefillとBall & Stick表示時は使用できません。
Implicit Hydrogens > On Hetero and Terminal ヘテロ原子に結合している水素と、構造の末端の炭素に結合している水素のみ表示します。このオプションはSpacefillとBall & Stick表示時は使用できません。
Implicit Hydrogens > On Hetero ヘテロ原子に結合している水素のみ表示します。このオプションはSpacefillとBall & Stick表示時は使用できません。
Implicit Hydrogens > Off 全ての非明示的な水素を非表示にします。
Misc > Atom Numbers 内部で割り当てられる原子インデックス表示/非表示を切り替えます。インデックスは1から始まり、連続して付加されます。
Misc > Atom Mapping 原子マッピング表示/非表示を切り替えます。
Misc > Graph Invariants グラフ理論による原子インデックス表示を切り替えます。構造固有のインデックスです。
Misc > Bond Lengths ボンドの中心に、ボンド長をオングストローム単位で表示します。
Misc > Lone Pairs 孤立電子対の表示/非表示を切り替えます。
Misc > R-groups R-groupの表示/非表示を切り替えます。
Pages > Fit Page Width 現在のページの幅を、キャンバスの幅に揃えます。
Pages > Fit Page Height 現在のページの高さを、キャンバスの高さに揃えます。
Pages > Fit Page 現在のページをキャンバスの中央に配置してサイズをキャンバスに揃えます。
Pages > Previous Page multipage molecular documentにおいて、前のページへ移動します。
Pages > Next Page multipage molecular documentにおいて、次のページへ移動します。
Pages > First Page multipage molecular documentにおいて、最初のページへ移動します。
Pages > Last Page multipage molecular documentにおいて、最後のページへ移動します。
Pages > Goto Page 特定のページ番号をテキストフィールドに入力してEnterキーを押すことで、直接そのページに飛びます。
Periodic System 元素周期表とクエリー/原子プロパティ描画ウインドウを表示します。
Open MarvinView2D MarvinViewを2Dモードで起動して、現在MarvinSketchに描画している分子を表示します。
Open MarvinView3D MarvinViewを3Dモードで起動して、現在MarvinSketchに描画している分子を表示します。
Open MarvinSpace MarvinSpaceを起動して、現在MarvinSketchに描画している分子を表示します。
Toolbars > Toolbars 個々のツールバーの表示/非表示を切り替えます。
Menubar メニューバーの表示/非表示を切り替えます。
Status Bar ステータスバーの表示/非表示を切り替えます。
Configurations > Configurations 使用可能なConfigurationのリストを表示します。各Configurationを簡単に適用できます。
Configurations > Reset current configuration 現在の構成画面の変更をリセットします。この操作は元に戻すことができません。
Configurations > Configuration Settings Configurationは、メニュー、ツールバー、ポップアップなどの画面構成の個人設定です。このコマンドで、構造描画用、印刷用、指導用など様々な目的に応じて構成画面を定義して変更することが可能です。
Customize メニュー、ツールバー、キーボードショートカットなどのMarvinSketch画面構成を変更できます。

Insert メニュー

Template Library 構造テンプレートの一覧です。
Groups 短縮形表記グループの一覧です。
Bond > Single シングルボンドを描画します。
Bond > Double ダブルボンドを描画します。
Bond > Triple トリプルボンドを描画します。
Bond > Aromatic アロマティックボンドを描画します。
Bond > Bold Single 太いシングルボンドを描画します。
Bond > Single Up Upボンドを描画します。
Bond > Single Down Downボンドを描画します。
Bond > Single Up or Down UpまたはDownボンドを描画します。
Bond > Double Cis or Trans CisまたはTransのダブルボンドを描画します。
Bond > Double C/T or Unspec Cis/Transまたは非明示のダブルボンドを描画します。
Bond > Single or Double シングル/ダブル ボンドを描画します。
Bond > Single or Aromatic シングル/アロマティック ボンドを描画します。
Bond > Double or Aromatic ダブル/アロマティック ボンドを描画します。
Bond > Any anyボンドを描画します。
Bond > Coordinate 配意結合ボンドを描画します。
Arrow > Single Reaction Arrow 一重線反応矢印を描画します。
Arrow > Retrosynthetic Arrow 逆合成反応矢印を描画します。
Arrow > Resonance Arrow 共鳴矢印を描画します。
Arrow > Equilibrium Arrow 平衡矢印を描画します。
Arrow > Single Arrow 一重線矢印を描画します。
Arrow > Two-headed Arrow 両方向矢印を描画します。
Bracket > Parentheses 丸括弧( )を描画します。
Bracket > Square Brackets 角括弧[ ]を描画します。
Bracket > Braces 波括弧{ }を描画します。
Bracket > Chevrons 山形括弧< >を描画します。
Electron Flow > 1 Electron 一電子転移を意味する矢印を描画します。
Electron Flow > 2 Electrons 二電子転移を意味する矢印を描画します。
Graphics > Line 直線オブジェクトを描画します。
Graphics > Single Arrow 矢印オブジェクトを描画します。
Graphics > Two-headed Arrow 両方向矢印オブジェクトを描画します。
Graphics > Polyline 多線形オブジェクトを描画します。
Graphics > Rectangle 長方形オブジェクトを描画します（正方形を描画したい場合は、Shiftボタンを押したまま描画します）。
Graphics > Rounded Rectangle 角が丸い長方形オブジェクトを描画します（正方形を描画したい場合は、Shiftボタンを押したまま描画します）。
Graphics > Ellipse

楕円オブジェクトを描画します（円を描画したい場合は、Shiftボタンを押したまま描画します）。
Chain 炭素鎖を描画します。マウスをドラッグさせることで、炭素の数を調節できます。
Text テキストオブジェクトを描画します。テキストのプロパティは新しく表示されるツールバーで変更できます。
IUPAC Name IUPAC名を含んだテキストオブジェクトを描画します。

Atom メニュー

Stereo > R/S > Off wedgeボンドを削除して、キラル原子の絶対立体フラグを削除します。
Stereo > R/S > R 原子の絶対立体フラグをRにして、ボンドをwedgeボンド表示にします。
Stereo > R/S > S 原子の絶対立体フラグをSにして、ボンドをwedgeボンド表示にします。
Stereo > Reaction > Off 反応において、キラル原子の立体保持/反転を考慮しません。
Stereo > Reaction > Inversion 反応中において、キラル原子の立体を反転するフラグを設定します。
Stereo > Reaction > Retention 反応中において、キラル原子の立体を保持するフラグを設定します。
Stereo > Enhanced 詳細は、 Stereo Documentation を参照してください。
Charge 原子の電荷を-128から128の間で変更できます。新しい電荷に応じて、非明示的な水素が付加され、原子価エラーは赤下線でハイライトされます。
Valence 原子の価数を0から8の間で変更できます。
Radical > Not Radical 原子からラジカル表記を削除します。
Radical > Monovalent 一価のラジカルにします。
Radical > Divalent 二価のラジカルにします。
Radical > Divalent Singlet 一重項の二価のラジカルにします。
Radical > Divalent Triplet 三重項の二価のラジカルにします。
Radical > Trivalent 三価のラジカルにします。
Radical > Trivalent Doublet 二重項の三価のラジカルにします。
Radical > Trivalent Quartet 四重項の三価のラジカルにします。
Isotope 選択した元素の同位体番号を設定・変更できます。また、Offにすることで同位体から非同位体原子へリセットできます。
Map 選択した原子に、構造が変化しても変更されないマップ表記/identifierを付加します。これは反応を描画する際に便利であり、SMILESやMDLフォーマットでも保存できます。
R-group 選択した原子をR-groupに変更します。
Group > Attachment Point 選択した原子がグループ（R-group、短縮形表記グループ）の一部分だった場合、アタッチメントポイントを定義できます。
Link Node 特定部位の環の大きさや側鎖の長さのクエリーを設定できます。
Add Branch 選択した原子の非明示的な水素を炭素原子に置換します。原子がこれ以上結合を持てない場合、このオプションは使用できません。

Bond メニュー

Type > Single 選択したボンドをシングルボンドにします。
Type > Double 選択したボンドをダブルボンドにします。
Type > Triple 選択したボンドをトリプルボンドにします。
Type > Aromatic 選択したボンドをアロマティックボンドにします。
Type > Bold Single Changes the selected bond type to Bold Single.
Type > Single Up 選択したボンドをUpボンドにします。
Type > Single Down 選択したボンドをDownボンドにします。
Type > Single Up or Down 選択したボンドをUpまたはDownボンドにします。
Type > Double Cis or Trans 選択したボンドをCisまたはTransのダブルボンドにします。
Type > Double C/T or Unspec 選択したボンドをCis/Transまたは非明示のダブルボンドにします。
Type > Single or Double 選択したボンドをシングル/ダブル ボンドにします。
Type > Single or Aromatic 選択したボンドをシングル/アロマティック ボンドにします。
Type > Double or Aromatic 選択したボンドをダブル/アロマティック ボンドにします。
Type > Any 選択したボンドをanyボンドにします。
Type > Coordinate 選択したボンドを配意結合ボンドにします。
Topology > No Topology ボンドトポロジーの設定を削除します。
Topology > In Ring 分子がクエリーとして使用される際に、環のボンドとして認識されるように設定します。
Topology > In Chain 分子がクエリーとして使用される際に、鎖状のボンドとして認識されるように設定します。
Reacting Center > No Reacting Center 選択したボンドの反応中心クエリーを削除します。
Reacting Center > Center

選択したボンドの反応中心クエリーを設定します: 反応によって、生成・開裂・タイプ変更が起こるボンドです。
Reacting Center > Make or Break 選択したボンドの反応中心クエリーを設定します: 反応によって生成または開裂するボンドです。
Reacting Center > Change 選択したボンドの反応中心クエリーを設定します: ボンドは反応後も残りますが、タイプが変更されます。例えばシングルボンドからダブルボンドになります。
Reacting Center > Make and Change 選択したボンドの反応中心クエリーを設定します: 現時点では"Center"と同様です。
Reacting Center > Not Center 選択したボンドの反応中心クエリーを設定します: 反応を通じて何も変化を起こしません。
Stereo Search 現在の分子をクエリーとして使用する場合に、立体化学配置を決定します。
Regenerate Bonds XYZ座標を元に、ボンド長のカットオフ値でボンドを再生成します。
Align > Horizontal 選択したボンドが平行になるように分子を移動します。
Align > Vertical 選択したボンドが垂直になるように分子を移動します。

Structure メニュー

Clean 2D > Clean in 2D 構造の新しい2次元座標を計算します。
Clean 2D > Hydrogenize Chiral Center 2Dクリーニング実施時に、明示的な水素を立体中心に付加します。
Clean 2D > Clean Wedge Bonds 2次元でwedgeボンドを配置し直します。
Clean 3D > Clean in 3D 構造の新しい3次元座標を計算して、最安定エネルギーの配座が表示されます。これは簡単なエネルギー関数（Dreidingタイプの分子力学）で計算されています。
Clean 3D > Cleaning Method > Fine Build 配座解析後、エネルギーが最安定の配座を3次元構造として表示します。配座発生に失敗した構造はそのままになります。Clean 3Dのデフォルトの設定です。
Clean 3D > Cleaning Method > Fine with Hydrogenize 元の分子の状態に関わらず、水素を明示的に発生させます。このオプションは水素原子の削除ができませんが、結果はFine Buildと同じになります。
Clean 3D > Cleaning Method > Fast Build 高速で分子をクリーンします。失敗した場合はFine Buildと同様になります。どのような構造も許容します。
Clean 3D > Cleaning Method > Build or Optimize 3次元構造を2次元構造から作成した後、Dreiding力場を用いてエネルギー最適化します。
Clean 3D > Cleaning Method > Gradient Optimize Dreiding力場を用いて実際の構造を初期構造としてエネルギー最適化します。
Clean 3D > Display Stored Conformers Conformerプラグインにより計算された配座を選択することができます。
Add > Add Explicit Hydrogens 明示的な水素を発生させます。非明示的な水素は文字のみの表記に対して、明示的な水素はボンドと共に表示されます。
Add > Data stoichiometry係数などのデータを付加します。
Add > Absolute Stereo (CHIRAL) キラルフラグを設定します。
Add > Multi-Center multi-centerアタッチメントポイントを原子に設定します。
Add > Position Variation Bond 可変結合ボンドを作成します。
Remove > Remove Explicit Hydrogens 明示的な水素を削除し、非明示的な水素にします。
Remove > Data 付加したデータを削除します。
Remove > Absolute Stereo (CHIRAL) キラルフラグを削除します。
Edit data stoichiometry係数などのデータを変更します。
Aromatic Form > Convert to Aromatic Form Conversion Methodで指定した方法で、分子をアロマティック表記にします。
Aromatic Form > Conversion Method > Basic Basic aromatization methodを用います。詳細はこちらを参照してください。
Aromatic Form > Conversion Method > General General aromatization methodを用います。詳細はこちらを参照してください。
Aromatic Form > Conversion Method > Loose Loose aromatization methodを用います。詳細はこちらを参照してください。
Aromatic Form > Convert to Kekulé Form 分子をアロマティック表記から元に戻します。
Group > Create Group 短縮形表記グループ（S-group）、R-group、反復部分構造を定義します。
Group > Create Frequency Variation 反復部分構造を作成します。
Group > Merge Brackets 2本のボンドが交差している、S-group括弧を作成します。
Group > Edit Group 選択しているグループのプロパティを編集します。（グループのタイプは、generic, component, monomer, merの4種類に限られます）
Group > Contract Group すべてのグループを短縮形表記にします。
Group > Expand Group すべてのグループを短縮形表記から元の構造表示にします。
Group > Ungroup 構造の短縮形表記グループ設定をすべて削除します。
Reaction > Map Atoms 選択している原子に自動的にマップナンバーを割り当てます。
Reaction > Mapping Method > Complete 全ての原子にマップナンバーを割り当てます。
Reaction > Mapping Method > Changing ボンドのタイプが変わる、ボンドが生成する/開裂するなどボンドに変更がある原子のみにマップナンバーを割り当てます。反応矢印の片側にのみ存在する原子にも割り当てます。
Reaction > Mapping Method > Matching Daylight style mappingにマッチする原子にのみ、マップナンバーを割り当てます。反応矢印の両側に存在する原子でないとマッチしません。
Reaction > Unmap Atoms 選択している原子のマップナンバーを削除します。
Reaction > Merge Reactants 選択しているフラグメントを反応物/生成物/試薬としてまとめます。
Reaction > Split to Reactants 反応物/生成物/試薬としてまとめたフラグメントを元に戻します。
Attribute > R-Logic Occurrence（発生頻度）、Rest H（水素を含めるか）、If/ThenなどR-groupの詳細な設定ができるR-Logicダイアログを出します。
Find Structure in ChemSpider ChemSpider内を検索して、その構造が存在する場合、ブラウザでその検索結果を表示します。
Find Structure in PubChem PubChem内を検索して、その構造が存在する場合、ブラウザでその検索結果を表示します。
Check Structure 分子構造をチェックして、修正します。詳細は、Structure Checker in MarvinSketchを参照してください。

Help メニュー

Help Contents MarvinSketchのユーザーガイドを表示します。
Licenses ChemAxon製品のライセンスを管理する、ChemAxon License Managerを起動します。
About MarvinSketch MarvinSketchについての情報と技術的な詳細を表示します。