MarvinSketchの画面構成は、メニューバーの再構築、ツールバーの作成、消去、変更など、使用者のニーズやスタイルに合わせてカスタマイズできます。
変更点は個人ごとに保存され、いつでも初期状態に戻せます。
ツールバーを移動させるには、横型のツールバーなら左側に、縦型のツールバーなら上部にあるセパレイターバーをドラッグします。
(使用中のLook&Feelの設定によっては、セパレイターバーを認識してドラッグすることが難しい場合があります)
ツールバーをドラッグしている間、色がついた太線が周囲に現れ、その時点でドラッグをやめた際のツールバーの場所と方向を示しています。使用中のLook&Feelの設定によって、太線の色は変わります。例えば、Look&FeelのテーマがJGoodies SkyBluerである場合、水色の場合はツールバーがフロート状態になることを意味し、暗い青色の場合はツールバーが元の画面構成に収まることを意味します。ツールバーをフロート状態に設定した場合、ツールバーを閉じることでそのツールバーは元の画面構成に収まります。

| New | 新しいメニューを作成し、メニューバーの最後に追加します。 |
| Menu > Move | メインメニュー内での位置を変更します。 |
| Menu > Rename | メニューの名前変更ダイアログが表示されます。 |
| Menu > Delete | 含まれるサブメニューも含めて、そのメニューを削除します。 |

| Add | MarvinSketchで使用できる全てのコマンドから構成される Add Commands ダイアログが表示されます。これらのコマンドはカテゴリー毎にまとめられていて、アルファベット順に並んでいます。 |
| Move Up/Down | そのメニュー内でのメニュー項目の位置を移動させます。 |
| Modify > Add Submenu | 現在選択している項目の下に、新しくサブメニューを追加します。 |
| Modify > Begin a Group | 現在選択している項目の下に、区切りを追加します。 |
| Modify > Rename | サブメニューや項目の名前を変更します。&の場所を変更することで、アクセスキーを変更することもできます。 |
| Modify > Delete | サブメニューや項目を削除します。 |
注: Advanced Templates Toolbar はカスタマイズできません。
| Use Large Icons | チェックした場合(デフォルト)、ツールバーの全てのボタンが24x24ピクセルサイズのアイコンになります。チェックなしの場合は、16x16ピクセルサイズになります。 |
| New | 新しいツールバーを作成し、上部のGeneralツールバーの右側のスペース部分に配置されます。 |
| Toolbar > Rename | ダイアログが表示され、名前が変更できます。 |
| Toolbar > Delete | そこに含まれる項目も含めて、ツールバーを削除します。 |
| Toolbar > Icons Only | そのツールバーに含まれる項目がアイコンのみでボタン表示されます。対応するアイコンがない場合は、コマンドが文字表記されます。 |
| Toolbar > Text Only | 文字表記のみでボタン表示されます。 |
| Toolbar > Icons & Text | アイコンとコマンドの文字表記が一緒に表示されます。文字はアイコンの下部に表示されます。 |
| Add | MarvinSketchで使用できる全てのコマンドから構成される Add Commands ダイアログが表示されます。これらのコマンドはカテゴリー毎にまとめられていて、アルファベット順に並んでいます。 |
| Move Up/Down | 項目をツールバー内で移動させます。 |
| Modify > Rename | 項目の名前を変更します。&の場所を変更することで、アクセスキーを変更することもできます。 |
| Modify > Delete | 項目や区切りを削除します。 |
| Modify > Begin a Group | 現在選択している項目の次に、区切りを追加します。 |
キーマップスキームと呼ばれるショートカットセットを定義することができます。
Keymapタブ上で、MarvinSketchで使用できるすべてのコマンドを閲覧でき、全てのコマンドに対してキーボードショートカットを設定できます。

一度に使用できるスキームは1つのみで、スキームを選択してActivateボタンを押すことで適用されます。スキームの"based on"が別のスキーム名になっている場合は、そのスキームからショートカット設定を受け継いだことを意味しており、上書きは可能です。Duplicateは選択しているスキームを元にして、新しいスキームを作成します。デフォルトのスキーム以外は、Removeを用いて削除できます。

このドキュメントは、画面構成を対話的に設定する方法について記述しています。別のカスタマイズ方法は、Configurations ドキュメントを参照してください。
サーバからでも画面構成設定は可能です。
いくつかのメニューは非表示になっていますが、必要に応じて、カスタマイズダイアログから追加することができます。