MarvinView 起動方法とオプション

Version 5.3.7

起動方法

mview [オプション] [ファイル名]

オプション

-h --help	コマンドラインヘルプを表示します。
-	標準入力から化学構造をインポートします。
--geometry WxH+X+Y	ウィンドウのサイズを（W x H）にして、（X, Y）の位置で表示します。
--real-time	読み込んだ内容をすぐに表示します。
--spreadsheet	1レコード1行のスプレッドシート形式で表示します（ファイルにデータフィールドが存在する場合は、この形式がデフォルトです）。
--gridbag	1行に複数の化学構造を含む、マトリックス形式で表示します（ファイルにデータフィールドが存在しない場合は、この形式がデフォルトです）。
-c <number>	GridBag形式の場合の、列の最大数です（デフォルト: 2）
-r <number>	GridBag形式の場合の、行の最大数です（デフォルト: 2）
-n <number>	インポートする化学構造数の数です。
-S	ユニークなSMILESを表示します。
-f <f1>:<f2>	SDファイルから、指定したフィールドをその順番で表示します（<f1>, <f2>, ...）。フィールド名は、コロンで区切られます。

-p <file>	色定義ファイルを読み込みます。*
-t <tagName>	SDファイル中のプロパティシンボル*を含むフィールド名です。

* 詳細は、Property colors in MarvinView セクションをご参照ください。

コマンドラインからMarvinSketchを起動する場合、Java VMに対するオプションも使用できます。

使用例

1. str.smiファイルから、はじめの1000構造を表示する:

   mview str.smi

2. str.smiファイルの9500番目の追う象から、500構造を表示する:

   mview -n 500 -s 9500 str.smi

3. stock.sdfファイルから、化学構造と3つのフィールド（ID, name, stock）を表示する:

   mview -f "ID:name:stock" stock.sdf

4. 2列表示、SMILES文字列も表示する:

   mview -Sc 2 stock.sdf

5. JChemコマンドライン検索モジュールを実行し、結果から化学構造とIDフィールドを表示する:

   jcsearch -q 'Clc1ccccc1' -f sdf input.sdf | mview -f ID -

6. コマンドラインから分子動力学計算のプロセスを都度その場で表示する:

   program_producing_molfiles_on_stdout | mview --real-time -

7. SDファイルのプロパティシンボルに沿って、原子の色を表示する:

   mview -p colors.ini -t PPL stock.sdf

MarvinViewにおける色の指定

5つの原子で構成される分子の原子カラープロパティ例

• 1, 2番目の原子: 指定なし
• 3番目の原子: シンボルaが指定されている
• 4番目の原子: シンボルbとcが指定されている
• 5番目の原子: 指定なし

色の定義ファイル

指定例:

a = red
b = blue
c = green
d = black
e = navy
f = maroon
a/d = purple
b/d = lime
a/c = aqua
empty = #808080
other = fuchsia

サポートしている色の名前: