MarvinSpace 起動方法とオプション

Version 5.3.7

MarvinSpaceは、3次元構造ビューワープログラムで、タンパク質、タンパク質-リガンド複合体、RNA/DNAなどの巨大分子を表示できます。
Marvin Beansパッケージの1つとして、利用できます。

起動方法

mspace [オプション] [ファイル名]

オプション

-h, --help コマンドラインヘルプを表示します。

- 標準入力から構造をインポートします。

-v, --verbose 詳細な処理状態を出力します。

-c, --columns <number> 表示する列の数を指定します（最大: 5）

-r, --rows <number> 表示する行の数を指定します（最大: 4）

-n, --nMols <number> インポートする化学構造の数です（デフォルト: 1000）

--multiCell 構造毎に、空のセルに読み込みます。

--singleCell 構造毎に、同じセルに読み込みます。

-q, --quality ( L[ow], M[ed], H[igh] ) (デフォルト: Med) 解像度を指定します。

-p <string> <string> プロパティを表示します。

複数のファイルをコマンドラインで指定することができますが、表示される構造数は、-n, -c, -rにより制御されます。セルの数（つまりは表示される構造数）は、列の数×行の数、または-nで指定された数のどちらか小さい方の値になります。
セルの最大数は20になりますので、ご注意ください。

コマンドラインからMarvinSketchを起動する場合、ヒープサイズなどを指定できるJava VMに対するオプションも使用できます。

使用例

PDBファイルから巨大分子を表示します:
```
mspace 4DFR.pdb
```
ファイルのはじめの6構造を、2行×3列のテーブルで表示します:
```
mspace -r 2 -c 3 molecules.sdf
```
SDファイル中の10構造を、同じセル内で表示します:
```
mspace -n 10 --singleCell ligands.sdf 
```
PDBファイルで定義された巨大分子を、高画質で表示します:
```
mspace -q High 1AID.pdb
```
とても大きな分子構造の表示とその表面計算のために、Javaヒープサイズ増やして起動します:
```
mspace -Xmx256M 1FFK.pdb
```

MarvinSpaceのパラメータとその動作です。